2020.11.26丨sam转换bam格式报错parse error at line 1解决办法

最新推荐文章于 2022-06-13 13:34:02 发布
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分类专栏： 心得 组装
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  • 今天照常进行比对工作，涉及到某一个样品需要比对，于是将.sh文件里的脚本直接复制粘贴出来，去掉了循环开始跑，结果是没问题的，但是在下一步使用samtools进行转换的时候发生了报错
    • parse error at line 1
    • truncated file.
  • 网上查了一下，发现是bwa可能存在安装问题，不能使用nohup进行运行。参考链接：sam转bam文件报错 - 简书 (jianshu.com)
  • 取消nohup之后，正常运行
穆易青
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wgl307293845的博客
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uci移植到嵌入式设备 uci show network出现如下错误 uci show: Parse error (config without name) at line 1, byte 0 问题分析 检查network配置文件格式没有问题，最后查看uci源码，发现如下代码导致 if (uci_increase_pos(pctx, strlen(pctx_cur_str(pctx)) + 1)) uci_parse_error(ctx, "config without n...
2021.04.13丨sRNAnalyzer报错fastx_collapser: Invalid input: This looks like a multi-line FASTA file解决办法
04-13 435
摘要 接到一个外泌体的miRNA分析，正常来说，本来可以直接使用sRNAnalyzer进行比对和定量（见文章https://share.mubu.com/doc/5KSIFg9R9u），但是在cutadapt去接口之后，执行fastx_collapser命令就发生了报错：fastx_collapser: Invalid input: This looks like a multi-line FASTA file。研究了2天终于找到了问题所在，特此记录一下。 软件配置 Python 3.8 sR
Parse Fatal Error at line 1 column 1: 前言中不允许有内容。
江夏、的博客
01-10 4068
今天eclipse启动项目的时候出现一下的错误 后来一看是这个路径下的test1.xml文件有问题 找到该路径下的xml文件，确实文件头出现了空格，把空格删了，重新启动还是出现同样的问题。 这时候找到E:\tomcat\apache-tomcat-8.5.47\work\Catalina\localhost路径下看项目，发现有个test项目为空 把该项目删了， 重新启动发现还是出现该问题，而且...
Parse Error at line 2 column 15: Document is invalid: no grammar found.
zhou363667565的专栏
09-03 372
今天部署把项目部署到tomcat上面时,发现了一个错误,. 严重: Document is invalid: no grammar found. at (null:3:8)org.xml.sax.SAXParseException: Document is invalid: no grammar found. at com.sun.org.apache.xerces.internal.util....
华为openEuler（EulerOS）系统 设置yum源
CN_Eden
04-20 1万+
查看EulerOS系统版本 cat /etc/euleros-release uname -a 从上图可以看出系统版本为V2.0SP8/aarch64 在/etc/yum.repos.d/目录下，创建文件EulerOS.repo，根据EulerOS版本及系统架构选择配置内容。 执行yum clean all清除原有yum缓存。 执行*yum makecache*生成新的缓存。 ARM架构系统y...
Samtools view转sam为bam报错[main_samview] truncated file.
jiangyi_pig的博客
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BAM.rar_bam_bam network_bam source code
09-14
**BAM神经网络算法详解** BAM，全称为Bidirectional Association Memory（双向联想记忆网络），是一种基于人工神经...通过学习其源代码，我们可以深入理解其工作原理，并将其应用于实际项目中，解决各种挑战性问题。
bam.rar_JAVA银行存取款_bam
09-19
在本项目"bam.rar_JAVA银行存取款_bam"中，主要展示了如何使用Java编程语言来实现一个简单的银行存取款系统。这个系统对于初学者来说是一个很好的实践案例，可以帮助他们更好地理解和运用Java的基本概念和技术。下面...
linux bam文件格式,pysam - 多种格式基因组数据（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）读写与处理模块（python）...
weixin_35214204的博客
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BAM.rar_bam
最新发布
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标题中的"BAM.rar_bam"指的是一个名为"BAM"的RAR压缩文件，它可能包含了与BAM（Bidirectional Associative Memory）相关的源代码或者文档。描述提到这是一个使用C语言实现的神经网络集合，包括ADALINE（Adaptive ...
arse Error at line 58 column 17: The content of element type "struts-config" must match "(display-na
isunlight001的专栏
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以前没有接触过struts1的项目  刚上来开发公司来的项目的时候遇到的这个错误。 报错信息： 严重: Parse Error at line 58 column 17: The content of element type "struts-config" must match "(display-name?,description?,data-sources?,form-beans
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大家可能在部署项目的时候，会遇到这种错误信息, 在使用PHP5.4及以上版本时，在调用函数时，使用引用符号:时，会出现Parse error: syntax error, unexpected '：'或PHP Fatal error:Call-time pass-by-reference has been removed者，这是由于在函数调用时通过引用传递参数已被弃用，因为它影响了代码的整洁...
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qq_33234164的博客
04-23 1万+
今天在导新项目后，tomcat启动时报错Parse Fatal Error at line 1 column 1: 文件提前结束。这个问题，后来发现在编译后的target中对应的报错文件web.xml是空的。而这个空文件web.xml在工程的的另一个子工程中的WEB-INF下。把它删掉后，启动就不会报错了。但是启动成功后，浏览器又开始报404错误。原来是，我的启动工程Artifacts定义的是lo...
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