html的readx()函数,Seurat包里面的Read10X_h5函数介绍

本人做肺纤维化研究，近期在Science Advance 上连续发了两篇单细胞文章，所以计划根据单细胞天地胶质瘤的单细胞CNS复现系列推文，复现一下。

本文使用的是题目为Senescence of Alveolar Type 2 Cells Drives Progressive Pulmonary Fibrosis.发表在Am J Respir Crit Care Med (IF17.4)2020 Sep 29. PMID: 32991815的文章，对应的GEO数据GSE146981(17个对照和11个肺纤维化样本)

发现并不是常规的一个样本由barcode， genes ，matrix 三个文件构成的数据形式，因为通常读取10x数据需要三个文件：barcodes.tsv, genes.tsv, matrix.mtx，而这个文章的数据是一个样本被整合成了一个H5文件。如下所示：

GSM4411701_ca02_filtered_gene_bc_matrices_h5.h5 10.7 Mb

GSM4411702_ca07_filtered_gene_bc_matrices_h5.h5 5.6 Mb

GSM4411703_ca12nep_filtered_gene_bc_matrices_h5.h5 1.4 Mb

GSM4411704_ca16nep_filtered_gene_bc_matrices_h5.h5 11.3 Mb

GSM4411705_cc04dep17_filtered_gene_bc_matrices_h5.h5 8.9 Mb

GSM4411706_cc04pep17_filtered_gene_bc_matrices_h5.h5 8.8 Mb

GSM4411707_cc04tep17_filtered_gene_bc_matrices_h5.h5 6.9 Mb

GS