今天解决了个大问题!!!处理了个小数据集,细胞数量不到两千,特征不到20万,但是Read10X函数怎么都读不进该数据集,代码如下:
writeMM(atac_new@assays$ATAC@counts,file = 'Code/Processed_dataset/ATAC/matrix.mtx')
write.table(cell,file='Code/Processed_dataset/ATAC/barcodes.tsv',sep='\t',row.names = F,col.names = F,quote = FALSE)
peaks <- rownames(atac_new@assays$ATAC@counts)
write.table(peaks,file='Code/Processed_dataset/ATAC/genes.tsv',sep = '\t',row.names = F,col.names = F,quote = FALSE)
#以上代码是存储处理完的数据
atac.data <-Read10X(data.dir='Code/Processed_dataset/ATAC',gene.column = 1)
#怎么都读不进这个数据集,非常非常慢
我灵机一动,那就换一种读法!代码如下:
mix_atac<-readMM('Code/Proces