Read10X存在三个文件缺显示缺失原因

最新推荐文章于 2024-07-03 16:17:13 发布

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分类专栏：报错处理文章标签：开发语言 r语言

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这篇文章讲述了在使用Read10X工具处理10X基因测序数据时遇到的Barcode文件缺失错误，指出Read10X期望的文件命名格式是barcode.tsv.gz,features.tsv.gz,matrix.mtx.gz或barcode.tsv,gene.tsv,matrix.mtx。解决方法是确保文件名符合规范并进行相应的调整。

摘要由CSDN通过智能技术生成

> NC.data <- Read10X(data.dir = './cellranger/outs/filtered_feature_bc_matrix/')

Error in Read10X(data.dir = "./cellranger/outs/filtered_feature_bc_matrix/") :
  Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz

Read10X只能读取两种固定命名格式的文件：

1、barcode.tsv.gz；features.tsv.gz；matrix.mtx.gz

2、barcode.tsv.；gene.tsv；matrix.mtx

出现这种报错时，检查文件命名是否与上两种方式一致。若为否，则更改为一致后，再读取，应该能成功读取。