Java环境下运行fastqc,RNA-seq分析所用生信工具安装详细记录

一.测试服务器设定

1.使登录后自动进入/home目录下

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3vim ~/.bashrc

#在文件中加入以下行后保存退出

cd /home

2.新建RNAseq_tool文件夹，存放各工具

1mkdir RNAseq_tool

二.各生信工具在测试服务器下的安装

1.sratoolkit下载及安装

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18#下载并解压

wget "ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"

tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

#进入bin目录

cd [download_location]/sratoolkit[version]/bin/

#设置path并使其生效

vi /etc/profile

增加以下行

export PATH=$PATH:/home/RNAseq_tool/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin

vi /etc/environment

增加以下行：

PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/home/RNAseq_tool/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin"

source /etc/profile

source /etc/enviroment

#测试安装是否成功

fastq-dump –version

#运行案例

fastq-dump -X 5 -Z SRR390728

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2#配置SRAtoolkit的下载路径

[安装路径]/bin/vdb-config –i 设定下载路径

2.fastqc下载及安装

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30#fastqc需要java环境，首先下载并配置java，此处下载 jre1.8.0_144

wget http://javadl.oracle.com/webapps/download/AutoDL?BundleId=225345_090f390dda5b47b9b721c7dfaa008135

#进入安装目录解压

tar –xzvf jre-8u144-linux-x64.tar.gz

#配置java的环境变量

vi /etc/profile

添加以下行

JAVA_HOME=/usr/java/jre1.8.0_144/

export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib:$CLASSPATH

export PATH = $PATH:$JAVA_HOME/bin

vi /etc/environment

添加java安装目录，此时文件内容为：

PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/home/RNAseq_tool/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin:/usr/java/jre1.8.0_144/bin"

#下载及解压

wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip

unzip fastqc_v0.11.5.zip

cd FastQC

#添加执行权限

chmod 755 fastqc

#建立软连接

ln -s [download_location]/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc

#测试fastqc是否正常运行

fastqc SRR390728.fastq #运行结果如下图所示

处理好的SRR390728_fastqc.html可以通过WinSCP下载到Windows系统上进行查看。

3.cutadapt下载及安装

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6#安装python-pip，python-dev

apt-get install python-pip python-dev

#使用pip安装cutadapt，该方法将cutadapt二进制文件安装到./usr/.local/bin中,无需设置环境变量

pip install --user --upgrade cutadapt

#尝试运行

cutadapt --version

4.fastx-toolkit下载及安装

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18#下载并安装依赖库libgtextutils 0.7

wget https://github.com/agordon/libgtextutils/releases/download/0.7/libgtextutils-0.7.tar.gz

tar –xzvf libgtextutils-0.7.tar.gz

#进入解压后文件夹进行编译安装

./configure

make

make install

#下载并解压fastx 0.0.14：

wget https://github.com/agordon/fastx_toolkit/releases/download/0.0.14/fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2

tar –xjvf fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2

#进入解压后文件夹进行编译安装

./configure

make

make install

#配置环境变量

vi /etc/profile

添加如下行

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH

5.安装bowtie2(旧流程)

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8#安装依赖包libtbb2

apt-get install libtbb2

#下载并解压bowtie2

wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2/bowtie2-2.3.2-linux-x86_64.zip/download

unzip bowtie2-2.3.2-linux-x86_64.zip

#配置环境变量

vi /etc/profile

export PATH=$PATH://home/RNAseq_tool/bowtie2-2.3.2

6.安装Tophat2(旧流程)

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13#下载并解压

wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz

tar –xzvf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz

#添加软连接

cd /usr/local/bin

ln –s /home/RNAseq_tool/tophat-2.1.1.Linux_x86_64/tophat2

#测试tophat2

#下载并解压测试数据

wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/test_data.tar.gz

tar –xzvf test_data.tar.gz

#测试：(实际使用时需要额外生成index文件)

cd test_data

tophat2 -r 20 test_ref reads_1.fq reads_2.fq

7.安装HISAT2(Tophat替代工具)

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11#下载源码并解压

wget http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/downloads/hisat2-2.0.0-beta-source.zip

unzip hisat2-2.0.0-beta-source.zip

#进入解压后目录并编译安装

cd hisat2-2.0.0-beta/

make

#添加环境变量并使其立即生效

export PATH=$PATH:/home/RNAseq_tool/hisat2-2.0.0-beta

source ~/.bashrc

#试运行

hisat2

8.安装samtools

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13#下载依赖库：libncurses5-dev, zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev

apt-get install libncurses5-dev zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev

#下载samtools 1.5，bcftools 1.5，htslib 1.5：

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.5/samtools-1.5.tar.bz2

wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.5/bcftools-1.5.tar.bz2

wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.5/htslib-1.5.tar.bz2

#安装三个工具(分别进入各工具文件夹，进行编译安装，顺序：htslib>bcftools>samtools)

./configure

make

make install

#注：编译安装默认路径为/usr/local/bin，所以无需添加环境变量

#测试安装

samtools

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2# Python2.7环境下

pip install RSeQC

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7# 安装依赖

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev

python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq

# Python2.7环境下

pip install HTSeq

#常用功能展示

htseq-count -h

11.安装bedtools

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8#下载并解压

wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.26.0/bedtools-2.26.0.tar.gz

tar –xzvf bedtools-2.26.0.tar.gz

#进入解压后文件目录进行编译安装

make

make install

#测试安装

bedtools --version

12.安装cufflinks(旧流程)

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7#下载并解压

wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz

tar –xzvf cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz

#将目录添加至环境变量中

export PATH=$PATH:/home/RNAseq_tool/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64

#测试安装

cufflinks

13.安装stringtie(cufflinks替代文件，项目主页在此)

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10#下载并解压

wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.3b.Linux_x86_64.tar.gz

tar -zxvf stringtie-1.3.3b.Linux_x86_64.tar.gz

#添加目录至系统环境变量

vim /etc/profile

添加如下行

export PATH=$PATH:/home/RNAseq_tool/stringtie-1.3.3b.Linux_x86_64

#试运行，如果如下图