fastqc检验时不能执行java_安装Fastqc软件遇到的坑

最新推荐文章于 2024-04-20 17:10:38 发布
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文章标签： fastqc检验时不能执行java
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在尝试使用conda安装并运行FastQC时，遇到Java HeadlessException错误，显示缺少X11 DISPLAY变量。确认Java已安装且版本较新，尝试直接安装FastQC依然出现相同错误。最终发现是因为系统为server版，没有图形界面，导致FastQC依赖的GUI组件无法运行。解决方案是安装图形界面。
摘要由CSDN通过智能技术生成

由于之前的HPC太难用了，所以决定搬家到十楼的工作站，于是就免不了配置必要的工作环境，其中一个少不了要安装的软件是就是fastqc，因为它太常用了。

我先是用conda安装，因为conda实在是太方便了，于是命令行：conda install fastqc  后面一路yes下去搞定，果然很顺利。

可是当我准备用的时候，输入命令： fastqc，诶？居然神奇吧的出错了，错误如下：

zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ ./fastqc

Exceptionin thread "main"java.awt.HeadlessException:

No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operationwhichrequires it.

at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)

at java.awt.Window.(Window.java:536)

at java.awt.Frame.(Frame.java:420)

at java.awt.Frame.(Frame.java:385)

at javax.swing.JFrame.(JFrame.java:189)

at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.(FastQCApplication.java:63)

at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)

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