Java环境下运行fastqc_质控软件fastQC的安装及用法

FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，得到多个测序数据的质量参数，让我们对测序数据质量有个初步的认识，从而判断后续的质控如何进行。

FastQC的下载与安装

1、安装路径

cd /data/hushy/tools/

2、下载

nohup wget -c http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip &

3、解压

unzip fastqc_v0.11.5.zip

4、进入解压目录

cd /data/hushy/tools/FastQC

5、设置可执行权限

chmod u+x fastqc #chmod 754 fastqc

6、配置环境变量

vim ~/.bashrc

export PATH="/data/hushy/tools/FastQC:$PATH" # 添加至文件最后一行

source ~/.bashrc #使配置文件生效

fastqc --help #测试

FastQC基本用法

语法

fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN

fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN

常用参数说明

-o --outdir FastQC生成的报告文件的储存路径，生成的报告的文件名是根据输入来定的

-f --format 指定输入文件的格式

--ext