CADD课程学习（8）-- 化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）

最新推荐文章于 2024-02-12 13:19:32 发布
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CADD课程学习（8）-- 化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）

PyRx：基于AutoDock的虚拟筛选软件

虚拟筛选

虚拟筛选，也称计算机筛选，即在进行生物活性筛选之前，在计算机上对化合物分子进行预筛选，以降低实际筛选化合物的数目，同时提高先导化合物的发现效率

PyRx：安装好PyRx后，需要把之前安装好的autodock4.exe 和autogrid4.exe 两个文件找贝到PyRx安装目录下，才能保证PyRX在本地的顺利运行。

PyRx虚拟筛选关键步骤：

  1. 利用AutoDock Wizard准备受体格点文件
  2. 利用Open Babel准备配体小分子
  3. 利用Vina Wizard进行虚拟筛选
  4. 虚拟筛选结果分析

PyRx虚拟筛选关键步骤：

1. 利用AutoDock Wizard准备受体格点文件

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发呆的比目鱼
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计算机辅助高通量虚拟筛选的技术笔记巩固知识要点
C1012562281的博客
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python中cock什么意思_[转载]原创脚本逐步实现Autodcock-Vina的虚拟筛选及筛选后分析...
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免费虚拟筛选软件 - PyRx
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开源分子对接软件Ledock之--CPU并行用于虚筛选
Blockbuater_drug
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虚拟筛选-分子对接 我的讲解会从以下几个方面展开。 1、什么是分子对接。 2、分子对接的用途。 3、分子对接的原理和类别。 4、最后也是最重要的一点，分子对接的流程。 什么是分子对接 维基百科中文版给出的解释是，分子对接是分子模拟的重要方法之一。其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法，在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 读完这一段，我们了解到的是分子对接，是一个计算机模拟，模拟的是分子之间的识别过程。涉及到分子之间的空间形状互补和能量匹配。 维基
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计算机模拟虚拟筛选操作流程： 1、寻找同一靶点的不同小分子活性药物； 2、对得到的小分子药物进行聚类分析； 3、对分类得到的同一类小分子药物进行药效团的创建； 4、对不同类的药效团进行share（可选）； 5、对创建的药效团进行验证； 5.1 利用active化合物在DUDe中生成decoys化合物； 5.2 用active化合物和decoys化合物对创建的药效团进行ROC曲线的绘制，ROC曲线越靠近左上角，说明创建的药效团越好，一般大于0.5，可考虑用来进行下一步的大规模虚拟筛选； 6、对虚拟筛选得到的结
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DrugClip全文翻译
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