免费虚拟筛选软件 - PyRx

PyRx是一款集成了autodock与vina程序且在windows平台上的虚拟筛选软件。目前只有0.8版本是免费的（同名公众浩后台回复：‘pyrx’），其余的版本都存在版权限制。

软件具体操作步骤如下：

1. 设置所需程序路径

打开软件后，依次点击：edit >> preferences，将会弹出以下页面，找到autodock4.exe 、autogrid4.exe 、及vina.exe所在路径。

2. 处理受体分子

随便什么软件都行: pymol、sybyl、DS等都行，目的就是除去水分子、抗衡离子、以及蛋白的多聚体等。

3. 导入受体分子

file >> load molecule

选中导入的大分子，鼠标右键 >> Autodock >> Make Macromolecule

4. 导入配体小分子

将sdf格式的小分子集按照下图箭头所示导入(需要注意的是：如果报错，就把配体分子文件放在pyrx安装目录下)

导入后，上方图形界面会显示小分子三维结构

右击导入的配体分子，转为pdbqt格式，如下图所示：

5. 运行vina对接程序

由于盒子信息是手动调节的，比较粗略，所以还是要有个参考信息比较好，往期推送过的pymol插件'getbox'就可以获取比较精确的盒子信息，以此为标准可以适当调整。

下图是最后的对接结果：

6. 运行Autodock对接程序

这里是由于我随便设置的盒子信息，以及随便找的俩小分子，所以没对接上，什么也没有输出。