r语言degseq2_DESeq2转录组差异表达分析实例

参考文章

我的R语言版本是3.6.1

安装分析过程需要用的的R包DESeq2 差异表达分析

BiocManager::install("DESeq2")

使用library(DESeq2)加载的时候遇到报错 ：载入了名字空间‘rlang’ 0.4.0，但需要的是>= 0.4.2 解决办法：将rlang包手动删除，rlang所在的路径是\R-3.6.1\library\rlang。然后使用命令install.packages("rlang")重新安装就可以了 - pasilla 使用这个R包中的数据

BiocManager::install("pasilla")

读入数据

library(pasilla)

pasCts

"pasilla_gene_counts.tsv",

package="pasilla",

mustWork = T)

pasCts

pasAnno

"pasilla_sample_annotation.csv",

package="pasilla",

mustWork=T)

pasAnno

df

cts

head(cts)

coldata

head(coldata)

coldata

rownames(coldata)

all(rownames(coldata) %in% colnames(cts))

cts

all(rownames(coldata) == colnames(ct