我看这个回答没什么赞，更新一下。
1)四款软件的输入文件不一样，这是很自然的。每个软件都需要准备各自的输入文件，格式不同那个肯定的，内容不同那就是取决于软件怎么分析了。
2)结果不一样也很自然。分析方法不一样，结果不可能完全一致。
四款软件都是R bioconductor的包。
=====cummeRbund，有参转录组tuxedo组件之一。tuxedo=tophat+cufflinks+cummeRbund，cummeRbund特别用于这个分析流程。每个都是一套礼服的一部分。tuxedo: 无尾礼服 tophat: 礼帽 cufflinks: 袖口 cummerbund: 腰带
DESeq，EMBL开发的。当然还有个DESeq2。
edgeR，WEHI开发的。
limma，芯片分析用的。虽然手册有用于RNA-seq分析的章节，不过我没用过limma做RNA-seq的差异分析。
其中1，2，3三款软件都是用于测序数据。
一般就是比较DESeq和edgeR。
由以上知，edgeR和DESeq用哪个都成。
我是用edgeR，它的手册写得也足够好。
看了看别人的回答，发现FPKM是需要考虑的一点。现在凡是用FPKM/RPKM求表达量的软件都别用了，只用拿TPM算的。
具体原因见
现在涉及表达量的软件一般都会转算TPM的。
Ref:
1961
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