r语言degseq2_第二次RNA-seq实战总结(3)-用DESeq2进行基因表达差异分析

最新推荐文章于 2024-05-04 03:02:19 发布
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DESeq2是一个用于分析基因表达差异的R包，具体操作要在R语言中运行

1.R语言安装DESeq2>source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

>biocLite("DESeq2")

2.载入基因表达量文件，添加列名> setwd("C:\\Users\\18019\\Desktop\\counts")

> options(stringsAsFactors=FALSE)

> control1

> head(control1)

gene_id control11 ENSG00000000003.14_2     15762  ENSG00000000005.5_2        03 ENSG00000000419.12_2      7564 ENSG00000000457.13_3      3015 ENSG00000000460.16_5      7646 ENSG00000000938.12_2        0> control2

> treat1

>treat2

3.数据整合> raw_count 

> head(raw_count)

gene_id control1 control2  treat1  treat21 __alignment_not_unique  7440131  2973831 7861484 86768842            __ambiguous   976485   412543 1014239 11790513           __no_feature  1860117   768637 1289737 18120564          __not_aligned  1198545   572588 1256232 13480685        __too_low_aQual        0        0       0       06   ENSG00000000003.14_2     1576      713    1589    1969#删除前五行>raw_count_filt aENSEMBL row.names(raw_count_filt) 

> raw_count_filt 

> colnames(raw_count_filt)[1] 

>head(raraw_count_filt )

ensembl_gene_id              gene_id control1 control2 treat1 treat2

ENSG00000000003 ENSG00000000003 ENSG00000000003.14_2     1576      713   1589   1969ENSG00000000005 ENSG00000000005  ENSG00000000005.5_2        0        0      0      1ENSG00000000419 ENSG00000000419 ENSG00000000419.12_2      756      384    806    984ENSG00000000457 ENSG00000000457 ENSG00000000457.13_3      301      151    217    324ENSG00000000460 ENSG00000000460 ENSG00000000460.16_5      764      312    564    784ENSG00000000938 ENSG00000000938 ENSG00000000938.12_2        0        0      0      0

4.对基因进行注释-获取gene_symbol

用bioMart对ensembl_id转换成gene_symbol> library("biomaRt")

> library("curl")

> mart 

> my_ensembl_gene_id 

>  options(timeout = 4000000)

> hg_symbols

> head(readcount)

ensembl_gene_id              gene_id control1 control2 treat1 treat2 hgnc_symbol chromosome_name start_position1 ENSG00000000003 ENSG00000000003.14_2     1576      713   1589   1969      TSPAN6        

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