-t TFILE, –treatment=TFILE 输入文件名
-c CFILE, –control=CFILE 输入阴对文件名
-n NAME, –name=NAME 输入出文件名前缀
-f FORMAT, –format=FORMAT
输入文件格式,默认值为AUTO,可选的值为”BEG”,”ELAND”,”ELANDMULTI”,”ELANDMULTIPER”,”ELANDEXPORT”,”SAM”,”BAM”,”BOWTIE”等。
-g GSIZE, –gsize=GSIZE 比对模板大小。格式可以是:1.0e+9,或者1000000000,也可以缩写:’hs’
for 人类 (2.7e9), ‘mm’ for 大鼠(1.87e9), ‘ce’ for 线虫 (9e7) and ‘dm’ for
果蝇 (1.2e8), 默认值:hs
-s TSIZE, –tsize=TSIZE 设置为短序列的长度,默认值为25
-p PVALE, –pvalue=PVALUE
非峰可能性截取值,默认值为1e-5,这个值不能大太,超过0.9的话,可能无法输出正确的结果
-m MFOLD, –mfold=MFOLD
峰值高度相对于本底的比值,默认值为10,30。也就是说,最低值不能少于10,但比值超过30也不认为它是正常的一个峰。一般而言,低值设置为10是一个很好的区分点。如果这个值还是无法得到满意的结果,那么可以设置得更低,但最好还是使用–nomodel参数,使–nomodel设置为True,然后再传递–shiftsize及–bw参数给
–diag 生成完整报表,会包括是否为真峰的可能性,但会严重拖累运算速度。