MACS2 -m/--mfold使用

安装MACS2

pip install MACS2

macs2 callpeak  -m 5 50 -q 0.05 -t Dy_7_1_clean.bam.sort  -f BAM -g mm --outdir /Data/wu_lab/yuanye/projects/CUT_TAG/zwh/peak/ -n Dy_7_1_H3K9me3  -B

http://www.360doc.com/content/18/0205/00/19913717_727772514.shtml

MACS2原理及双峰模型等

[软件使用 3] 使用MACS2分析ChIP-seq数据，快速入门！

如何使用MACS进行peak calling

macs2 predictd -i E14-H3K27me3-N_rmdup.bam.sort
macs2 callpeak  -t E14-RA-6-H2AK119ub_rmdup.bam.sort --outdir /Data/wu_lab/GMH/cut_tag/peak/peak_q0.05/ -n E14-RA-6-H2AK119ub_rmdup -q 0.05 -g mm -B --nomodel -f BAMPE --extsize 294
macs2 bdgdiff --t2 A2KOFK4_sambamba_treat_pileup.bdg --c2 A2KOFK4_sambamba_control_lambda.bdg --d2 3998948  --t1 E14FK4me1_treat_pileup.bdg --c1 E14FK4me1_control_lambda.bdg --d1 4139371 -g 60 -l 277 --o-prefix /Data/wu_lab/LR/A2/chip/macs2/bdgdiff_mesA2KOvsmesWT/mesWT_vs_mesA2KO -C 2

目前较全的call peak

macs2 callpeak  -t  ${i}_markdup.bam.sort --outdir /Data/wu_lab/GMH/chipseq/20230108_WT_K630E_ChIP_SL/20230314_H3K27me2_WT_K630E_SL/q0.05_bw300/ -n ${i} -q 0.05  -g mm -B --nomodel --extsize 296 --SPMR  --call-summits  -f BAMPE --trackline