python生物信息实例_使用python处理生物信息数据（一）

趁疫情被封闭在家，学习一下python，之前尝试过看过perl的书，代码看得我一脸懵逼，python乍看上去和蔼可亲多了，再加上有个师兄鼓励和推荐学习python，找了这本书Managing Your Biological Data with Python先动起来吧，希望自己能坚持下去。

Managing Your Biological Data with Python

1. Anaconda安装和示例数据

在笔记本wins7上安装了anaconda，用的Spyder进行操作，

这本书是讲的python2，我从Library Genesis搜索下载的英文版，在github上Managing Your Biological Data with Python 3 将书中的示例代码转化为了python3，并提供了示例数据。

2. 一个简单示例，计算ATP的吉布斯自由能

计算ATP的吉布斯自由能，包含了一些基础操作：模块载入，简单的数学计算和查看模块中包含的函数功能和帮助。自己的理解：python模块载入import类似于R语言中library()载入所需的R包，然后可以工作。

#已知数据

ATP = 3.5

ADP = 1.8

Pi = 5.0

R = 0.00831

T = 298

deltaG0 = -30.5

#载入math模块

import math

#计算

print (deltaG0 + R * T * math.log(ADP * Pi / ATP))

-28.161154161098693

#查看math模块中的函数

dir(math)

Out[12]:

['__doc__',

'__loader__',

'__name__',

'__package__',

'__spec__',

'acos',

'acosh',

'asin',

'asinh',

'atan',

'atan2',

'atanh',

'ceil',

'copysign',

'cos',

'cosh',

'degrees',

'e',

'erf',

'erfc',

'exp',

'expm1',</