趁疫情被封闭在家,学习一下python,之前尝试过看过perl的书,代码看得我一脸懵逼,python乍看上去和蔼可亲多了,再加上有个师兄鼓励和推荐学习python,找了这本书Managing Your Biological Data with Python先动起来吧,希望自己能坚持下去。
Managing Your Biological Data with Python
1. Anaconda安装和示例数据
在笔记本wins7上安装了anaconda,用的Spyder进行操作,
这本书是讲的python2,我从Library Genesis搜索下载的英文版,在github上Managing Your Biological Data with Python 3 将书中的示例代码转化为了python3,并提供了示例数据。
2. 一个简单示例,计算ATP的吉布斯自由能
计算ATP的吉布斯自由能,包含了一些基础操作:模块载入,简单的数学计算和查看模块中包含的函数功能和帮助。自己的理解:python模块载入import类似于R语言中library()载入所需的R包,然后可以工作。
#已知数据
ATP = 3.5
ADP = 1.8
Pi = 5.0
R = 0.00831
T = 298
deltaG0 = -30.5
#载入math模块
import math
#计算
print (deltaG0 + R * T * math.log(ADP * Pi / ATP))
-28.161154161098693
#查看math模块中的函数
dir(math)
Out[12]:
['__doc__',
'__loader__',
'__name__',
'__package__',
'__spec__',
'acos',
'acosh',
'asin',
'asinh',
'atan',
'atan2',
'atanh',
'ceil',
'copysign',
'cos',
'cosh',
'degrees',
'e',
'erf',
'erfc',
'exp',
'expm1',</