linux基因组文件,从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息-AWK

gff文件当中存储了基因组当中所有基因的注释信息，如果想得到基因组当中所有基因的位置信息可以利用awk命令批量的提取，命令如下：

$ grep -v '#' Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3|awk -F "[\t=:;]" 'BEGIN{OFS="\t"}$3=="gene"{print $1,$4,$5,$10}' |head

1       3631    5899    AT1G01010

1       6788    9130    AT1G01020

1       11649   13714   AT1G01030

1       23121   31227   AT1G01040

1       31170   33171   AT1G01050

1       33365   37871   AT1G01060

1       38444   41017   AT1G01070

1       44970   47059   AT1G01080

1       47234   49304   AT1G01090

1       49909   51210   AT1G01100

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