基因相关性Java_一小时搞定基因集富集分析

原标题：一小时搞定基因集富集分析

基因集富集分析(Gene Set EnrichmentAnalysis, GSEA)，根据名称我们就可以知道这是一种对基因进行富集的工具和方法。

其基本思想是使用预设定的基因集(通常是基因组注释信息或者来自前人、牛人的实验结果)，即将基因富集，把功能相似或者相同的基因进行组合，并最终以基因集的形式进行封装；然后将 case 和 control 组中差异表达的基因进行排序，之后检验两组中差异表达的基因是否在预先设定的基因集合的顶端或者尾端富集。

如果在最终的分析结果中，case 和 control 中差异表达的基因分别富集到顶端或者尾端，那么可以说明两组在所选通路或者所选功能基因集上具有差异。

该方法早在 2005 年就已经被提出，PNAS 文章 Gene set enrichment analysis: aknowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles.ProcNatl Acad Sci U S A. 2005 Oct 25;102(43):15545-50. Epub 2005 Sep 30.

下面，我们将介绍如何去下载安装并使用该软件。

1：首先，打开 GSEA 的官网：http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp

可以看到 GSEA 的介绍，和最新版本的改动时间等。<