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RSS订阅原创 基因相关性图
一、基因在任意癌症表达量相关性1. 获取基因名2. 制作基因在癌症的表达矩阵3. 绘制基因相关性热图二、基因集在癌症的表现1. 获取基因集2. 制作基因集在癌症的表达矩阵3. 绘图三、多个基因集相关性热图1. 获取基因集2. 制作基因集在癌症的表达矩阵3. 绘图原文献：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer...
2020-02-11 18:15:00
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原创 常规转录组上游分析
单细胞转录组上游分析文章目录单细胞转录组上游分析一、下载数据(以GSE111229为例)二、安装软件三、质控和过滤四、比对五、计算表达量六、差异表达分析（使用R）代码参考链接：https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67一、下载数据(以GSE111229为例)点击SRA链接smartseq2是一个细胞一个数据下载链接wkd= 工作目录s...
2020-01-15 19:07:52
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原创 三种聚类方法比较
一、导入数据1. 加载数据2. 可视化数据分布3. 文库归一化二、使用文库大小归一化后的数据进行聚类1. hclust2. k-means3. dbscan三、使用log化后的数据进行聚类1. hclust2. k-means四、使用降维的数据进行聚类1. hclust2. k-means3. dbscan五、使用高表达基因进行聚类1. hclust2. k-means六、使用高变异基因进行聚类...
2020-01-12 00:07:25
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原创 探索GSVA包
一、介绍1. 加载2. 简介3. 注意事项4. 流程二、使用1. 导入数据2. 计算富集分数3. 确定有显著差异的基因教程：https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/GSVA/inst/doc/GSVA.pdf一、介绍1. 加载if(!require(GSVA)) BiocManager::install('...
2020-01-11 12:33:31
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原创 探索seurat包
一、了解包的基本内容1. 加载2. 基本信息二、使用1. 导入数据2. 创建对象和基本操作1）检查数据2）创建对象3）查看对象内容4）调用对象内容5）向对象插入内容6）可视化对象内容3. 归一化4. 挑选高变异基因5. 标准化及去除混杂因素影响6. 降维1）PCA2）UMAP3）tSNE7. 聚类8. 确定差异表达基因9. 总结一、了解包的基本内容1. 加载if(!require(Seur...
2020-01-10 13:51:04
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原创 差异分析流程（五）三大R包比较
https://www.jianshu.com/p/a3b78bd49bcchttps://www.jianshu.com/p/4795e6bd4e21https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88542805https://www.cnblogs.com/wangprince2017/p/9937080.htmlhttps://...
2019-12-19 20:39:12
6261
原创 差异分析流程（四）DESeq2
1.构建dds对象2.标准化3.提取差异分析结果参考链接：https://www.plob.org/article/9971.html#加载包和数据if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")if (!require("DESeq2", quietly = T...
2019-12-19 16:40:30
6970
原创 差异分析流程（三）edgeR
1.构建DGEList对象2.TMM标准化3.估算离散值4.差异基因分析参考链接：http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1188480.html上一文章：https://blog.csdn.net/weixin_45161743/article/details/103536340#加载包和数据if (!requireNamespace("Bioc...
2019-12-18 17:32:03
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原创 差异分析流程（二）limma
差异分析流程（二）limma1. 制作三个矩阵2. 建模前归一化3. 建模及结果4.检查参考链接：http://www.freesion.com/article/752576024/https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html...
2019-12-14 11:16:34
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原创 差异分析流程（一）数据预处理
差异基因分析三大包说明一、 Limma参考链接：https://www.jianshu.com/p/8c187c8f4d09http://www.freesion.com/article/752576024/https://cloud.tencent.com/developer/article/1492130https://www.jianshu.com/p/a3b78bd49bcch...
2019-12-14 00:16:07
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原创 RNA-Seq丰度计算方法
RNA-seq丰度计算方法一、测序bias二、定量方法三、丰度计算方法1. reads Count2. RPKM/FPKM3. RPM/CPM4. TPM四、区别参考链接：https://www.jianshu.com/p/c25e84383ae3一、测序bias长度： 相同表达丰度的转录本，往往会由于其基因长度上的差异，导致测序获得的Read（Fregment）数不同。总的来说，越长的...
2019-12-13 10:21:39
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原创 下载R包问题汇总
下载R包1. 下载方法2. 解决方法汇总参考链接：https://www.cnblogs.com/lph970417/p/11655371.html1. 下载方法install.packages("package_name")从Bioconductor上下载library(BiocManager)BiocManager::install("package_name")从git...
2019-12-01 11:49:42
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空空如也
空空如也
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