火山(Volcano Plot)图在一张图中显示了两个重要的指标(Fold change/pvalue),可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验P值的负对数-log10(pvalue)为纵坐标,即可得火山图(Volcano Plot)。
> install.packages("ggplot2")
> library(ggplot2)
> R0_vs_R3_isoforms_fitter
> data
> r03
> r03 + geom_point()
运行过程数据及图片:
改变点的颜色:
> r03 + geom_point(color="red")
> r03 + geom_point(aes(color="red"))
> r03 + geom_point(aes(color=significant))