MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程(上)

MIMIC数据库是麻省理工学院开发的重症医学数据集,包含真实患者数据,用于医学研究。文章提供了CITI考试的详细步骤和MIMIC数据库的下载权限申请流程,帮助用户完成注册、选择课程并顺利通过考试以获取使用权。

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mimic数据库使用介绍:

MIMIC-IV,重症医学数据库介绍和使用说明

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程(上)

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程(下)

MIMIC数据库安装保姆级教程(上)

MIMIC数据库安装保姆级教程(下)

MIMIC数据库,常用查询指令SQL基础(一)

 

MIMIC数据库介绍

MIMIC数据库是由麻省理工学院开发的一个医疗保健数据库,包含了来自波士顿地区的真实患者数据。Mimic数据库可用于医学研究和教育,包括机器学习、数据挖掘和人工智能等领域。该数据库包含超过60万名患者的临床数据,包括电子病历、生理监测数据和医学图像等。研究人员可以使用Mimic数据库进行医学研究,并在SCI期刊上发表论文。

MIMIC数据库下载权限申请

MIMIC数据库下载权限申请主要分为以下两步:

1,通过CITI PROGRAM的考试,获得考试报告。

2,在MIMIC官网进行数据库使用权限申请。

CITI PROGRAM介绍

Citi Program是一个在线培训平台,为医学、生命科学和社会科学等领域的研究人员提供伦理和合规培训。Citi Program的课程涵盖了人体研究伦理、动物研究伦理、生物安全、数据管理等方面。该平台的课程由国际知名专家编写,符合美国国家卫生研究院(NIH)和美国食品药品监督管理局(FDA)的标准。Citi Program的培训证书被全球范围内的研究机构和组织广泛认可。

因为申请的总体流程比较长,所以小编也把整个申请教程分为了上下两个教程。本次教程主要讲解如何通过CITI考试,下一个教程将会教大家如何在官网申请MIMIC数据库的使用权限。

权限申请步骤

网上也有一些CITI的使用教程,但是大多时间比较长久了,CITI 改版比较快,网上的很多教程跟CITI的现有内容已经对应不上了。为了节约大家的时间,让大家顺利通过CITI的考试,小编特意又重新走了一遍完整的考试流程,并且把考试答案整理出来了(获取方法在教程最后面),大家只要按照本次教程一步一步操作,保证大家可以顺利通过CITI的考试。

01

CITI注册

打开CITI的官方网址:https://about.citiprogram.org/ ,点击右上角的Register按钮:

注册一共分为四步:

第一步,在选择组织里面,我们填入“Massachusetts Institute of Technology Affiliates”(麻省理工学院分支机构),把下面的复选框都勾上,最后点击"Create a CITI Pogam accont"按钮,如下图所示:

第二步,填写自己的姓名跟邮箱(这里的用户名会显示在最后获取的报告里面的,尽量使用自己的名字),第二个邮箱不需要填。

第三步,填写用户名跟密码(这个用户名是用来登陆的,全网唯一),并且选择一个密码保护问题(用于密码遗忘后,找回密码),大家可以根据自己的喜好自由选择。

第四步,填写国家“China”,下面的选项选择"No",链接ORCID账号这里可以不用填。

经过以上步骤,CITI账号就已经注册成功了。

02

课程选择

下一步CITI会询问是否需要使用CITI进行认证,选择“YES”,并在下面的认证类型选择“Other Participants - Certificates of Participation”

这一步,需要再次填写你的邮箱(这里的邮箱是会显示在报告上面的,不要填错),以及你的职业信息,只需要填写带有“*”号的部分,Department可以填“critical care unit”,Role选择“Clinical Researcher”。

这一步,CITI会询问你需要学习哪些课程,一共有7个问题,但是我们只需要回答两个问题就可以了。

第一个问题为必选题:

问题为:For new trainees requiring basic IRB courses, select the group most appropriate to your research activity.

我们选择:“Basic IRB Data or Specimens Only Research”

(这里的选择千万别填错了,这里的选择会决定了后面你需要学习的课程)

第五个问题也是必选题:

问题:Would you like to take the NIH/PHS Conflict of Interest Course?

我们选择"No"

到这一步,我们就可以直接进行学习跟考试了,我们一共需要考9个模块,总分达到90分以上才能算考试通过,

点击"Start Now"按钮,就可以进行学习考试了。

接下来CITI会显示一页非常长的课程说明,你可以选择将页面拉到最下面,选择“Continue to Course”

03

学习与考试

我们一共需要学习9个模块(其中8个模块需要考试),答案正确率要达到90%才能通过,点击每门课程后面的“Start”按钮就可以进行该模块学习。

如果这门课程需要考试,在课程的最下方就会有一个考试按钮,点击该按钮就可以进行考试了

如果哪门课程没有完全答对,可以再次进行考试(小编也整理出了小编考试时遇到的题目跟答案,方便大家学习,获取方法在文章的最后)

如果当门课程考试全部通过,则点击“View the next required Module”按钮进入下一模块的学习

全部课程学习完毕并且考试通过后,将会在最后一个课程下面显示通过页面,点击下方的红色按钮进入报告查看页。

点击获取报告按钮(Access your Completion Records),如下图所示:

这个页面有两份报告可以获取,MIMIC数据库需要的是第一份报告(Completion Report,千万别下载错了),点击“View/Print”按钮可以查看报告

在预览页的右上角,点击下载按钮就可以下载报告。

<think>好的,我需要帮助用户了解如何下载和安装MIMIC-IV数据库。根据提供的引用内容,我先整理一下步骤。 首先,用户需要知道如何下载数据库。根据引用[2],MIMIC IV数据库官方下载的是27个CSV表格文件。所以第一步是访问官方网站,完成认证流程。用户可能需要通过CITI培训,这通常是获取这类医疗数据库的标准步骤。需要提醒用户注意遵守数据使用协议。 接下来是安装部分。引用[1]提到了使用PostgreSQL数据库,并且需要运行几个SQL脚本,如create.sql、load_7z.sql等。这里需要详细说明安装PostgreSQL的步骤,包括下载安装包、配置数据库,然后创建数据库和表结构。用户可能需要解压文件并运行这些SQL脚本,所以需要指导他们如何执行这些操作,比如使用psql命令行工具或者pgAdmin界面。 然后,数据导入部分。引用[2]提到由于CSV文件太大,无法用Excel打开,所以必须导入到PostgreSQL中。这里需要解释如何使用load_7z.sql脚本或COPY命令来导入数据。可能需要处理压缩文件,比如7z格式,所以用户需要安装相应的解压工具。 之后是创建索引和函数。引用[1]中的index.sql和function.sql需要执行,这部分是为了优化查询性能。需要提醒用户这一步的重要性,尤其是在处理大数据量时。 接下来是概念表的生成,引用[1]中的concepts_postgres文件夹,用户需要运行里面的脚本来构建临床常用指标。这里可能需要按顺序执行脚本,比如先基础表,再衍生表,需要具体指导步骤。 最后,验证安装是否正确。可能需要运行一些简单的SQL查询,比如SELECT COUNT(*) FROM某个表,来确认数据已正确导入。 用户可能遇到的问题包括:如何获取权限、安装PostgreSQL时的配置错误、SQL脚本执行顺序、处理大型CSV文件时的内存或权限问题。需要预先提醒这些可能的坑,并给出解决建议,比如检查文件路径、确保足够的存储空间等。 还需要考虑用户的操作系统环境,比如是Windows、Mac还是Linux,不同的系统下PostgreSQL的安装步骤可能略有不同,需要给出通用指南或者分情况说明。 另外,引用[3]和[4]提到使用MIMIC-IV进行研究的例子,可能用户最终目的是用于科研分析,所以在安装完成后,可以建议用户如何开始查询数据,或者使用哪种工具进行数据分析,比如Python、R或者直接通过SQL查询。 总结步骤应该是:认证和下载→安装PostgreSQL→创建数据库结构→导入数据→创建索引和函数→生成概念表→验证安装。每个步骤需要详细说明,确保用户能逐步操作。 现在需要将这些整理成清晰的中文回答,分步骤说明,并附上相关问题。同时确保所有数学公式或代码用正确的LaTeX或代码块格式,但根据用户的问题,可能不需要数学公式,但代码示例比如SQL命令可能需要用代码块。</think>### 分步解答:MIMIC-IV数据库下载与安装 #### **1. 获取数据库访问权限** - **步骤说明**: MIMIC-IV是受限制的医疗数据库,需通过官方申请(访问 [PhysioNet](https://physionet.org/))并完成以下流程: 1. 注册PhysioNet账号 2. 通过CITI伦理培训考试(约2-4小时) 3. 签署数据使用协议(DUA)[^2] - **注意事项**: 下载链接将在审核通过后通过邮件发送,数据仅限科研用途。 --- #### **2. 安装PostgreSQL数据库** - **步骤说明**: 1. **下载安装包**: 访问 [PostgreSQL官网](https://www.postgresql.org/),选择与操作系统匹配的版本(如Windows/macOS/Linux)。 2. **安装配置**: - 安装时需设置数据库用户(如`postgres`)的密码。 - 保持默认端口`5432`,其他选项按需调整。 3. **验证安装**: 打开命令行输入 `psql -U postgres`,成功登录即表示安装完成。 --- #### **3. 创建数据库并导入数据** - **步骤说明**: 1. **解压下载MIMIC-IV文件**: 官方文件通常为27个CSV文件(可能压缩为`.7z`格式,需安装解压工具如7-Zip)。 2. **运行SQL脚本**: - 将文件放置于统一路径(如`MIMIC-IV3.0`文件夹)。 - 按顺序执行以下脚本(通过`psql`或pgAdmin): ```sql -- 创建表结构 \i create.sql -- 导入CSV数据(需指定文件路径) \i load_7z.sql -- 建立索引优化查询 \i index.sql -- 添加自定义函数 \i function.sql ``` 注意:`load_7z.sql`可能需要修改文件路径[^1]。 3. **导入概念表**: 执行`concepts_postgres`文件夹内的脚本,生成临床常用指标(如SOFA评分)。 --- #### **4. 验证数据完整性** - **示例查询**: ```sql -- 检查患者表记录数(预期约30万条) SELECT COUNT(*) FROM mimiciv_hosp.patients; -- 查询ICU入院前10条记录 SELECT * FROM mimiciv_icu.icustays LIMIT 10; ``` 若返回结果无报错,则安装成功。 --- #### **常见问题与解决** - **问题1:CSV导入失败** **原因**:文件路径错误或权限不足。 **解决**:检查`load_7z.sql`中路径是否正确,确保PostgreSQL用户有读取权限- **问题2:数据库连接超时** **原因**:PostgreSQL服务未启动。 **解决**:在服务管理中重启`postgresql-x64-14`(版本号可能不同)。 - **问题3:内存不足** **原因**:大型CSV文件需较高内存。 **解决**:关闭其他程序,或分批导入数据。 --- ###
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