MIMIC数据提取教程 - 提取患者首次入ICU数据

目录

一、提取患者首次入ICU信息

1.  为什么使用partition by， 而不是group by？

2. 为什么使用row_numbe，而不是rank 或者dense_rank?

二、提取进入ICU的基线检验数据（铁蛋白FER为例）

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一、提取患者首次入ICU信息

思路：

1. 患者入ICU信息存储在mimic_icu.icustays表中，intime为患者入ICU的时间。我们的思路是根据患者的subject_id分组 （分组SQL我们一般使用：group by 或者 partition by ）

2. 然后以intime升序排序，看每行记录对应的是该患者第几次入ICU，

3. 最后取第一次入ICU的，即为首次入ICU信息。

比如233患者三次入ICU，我们需要根据入ICU时间intime从小到大生成排名，也就是入ICU顺序

这里stay_id 410这条就是患者233首次入icu的信息

为了实现这个思路，我们需要用到row_number()排名函数，用SQL实现如下 

这个SQL的意思是：以subject_id分组，每组以intime从小到大排序，生成排名，比如该subject_id下最小的intime所在的这一行，排名设为1。

• 按照subject_id分组:   partition by用来对表分组，在这个例子中，所以我们指定了按“subject_”分组（partition by subject_id）

• 按intime排名: order by子句的功能是对分组后的结果进行排序，默认是按照升序（asc）排列, 在本例中（order by intime）是按intime这一列排序，加了desc关键词表示降序排列。

通过下图，我们就可以理解partiition by（分组）和order by（在组内排序）的作用了。

接着，我们需要从这个查询的结果中取stay_order=1的，那么如何从这些查询结果中再查询数据呢？有很多种方式都可以实现，比如将上述查询的结果创建成表、物化视图、或者用子查询，这里介绍一个比较优雅的常用的方案，with子句。

with可以将查询结果作为一个临时表，供后续查询复用该临时表，这样可以将复杂的大型查询分解为多次简单查询

用SQL实现提取首次入ICU信息：

WITH stay_order_view AS (
        SELECT
                subject_id,
                hadm_id,
                stay_id,
                intime,
-- 以subject_id分组, 每组以intime从小到大排序（默认升序），生成排名
                ROW_NUMBER ( ) OVER ( PARTITION BY subject_id ORDER BY intime ) AS stay_order 
        FROM
                mimiciv_icu.icustays 
        ) SELECT
        * 
FROM
        stay_order_view 
WHERE
        stay_order = 1

我们前面生成患者入ICU顺序的语句放到stay_order_view这个临时表中，然后从stay_order_view中获取in_order=1的所有数据，查询结果如下，可以看到提取出了患者首次入ICU的stay_id。

然后如果要获取患者首次入ICU的其他信息，只需要用该查询结果中的stay_id或者hadm_id在其他表进行关联查询即可

1.  为什么使用partition by， 而不是group by？

group by分组汇总后改变了表的行数，一行只有一个类别。而partiition by和rank函数不会减少原表中的行数。例如下面统计每个医院的人数。

这里主要两个作用

• 同时具有分组和排序的功能

• 不减少原表的行数

注意事项partition子句是可省略，省略就是不指定分组

2. 为什么使用row_numbe，而不是rank 或者dense_rank?

专用窗口函数rank, dense_rank, row_number有什么区别呢？

它们的区别我举个例子，你们一下就能看懂：

得到结果：

我们把intime字段换成subject_id， 因为subject_id是有可能相同的

从上面的结果可以看出：

rank函数：这个例子中是7位，7位，9位，也就是如果有并列名次的行，会占用下一名次的位置。比如正常排名是1，2，3，4，但是现在前3名是并列的名次，结果是：1，1，1，4。

dense_rank函数：这个例子中是7位，7位，8位，也就是如果有并列名次的行，不占用下一名次的位置。比如正常排名是1，2，3，4，但是现在前3名是并列的名次，结果是：1，1，1，2。

row_number函数：这个例子中是7位，8位，9位，也就是不考虑并列名次的情况。比如前3名是并列的名次，排名是正常的1，2，3，4。

这三个函数的区别如下：

二、提取进入ICU的基线检验数据（铁蛋白FER为例）

很多同学反馈装好mimic数据库后，发现数据量太大，无从下手。

对于初学者来说，这些数据完全用不上。

我们只需要进入ICU的基线数据，

就可以做出很好的临床研究了。

如何拿到基线检验结果，

帮大家集成了一段代码，

轻松搞定 MIMIC-IV 数据库第一天检查的

最大值，最小值，算数平均值和第一次的检查结果

下一章重点讲解 【提取进入ICU的基线检验数据（铁蛋白FER为例）】，感兴趣同学可以提前公众号后台回复"icu基线检查数据"获取代码