geo数据差异分析_使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

前言

本文主要演示GEO数据库的一些工具，使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807]

作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系在MLC1f启动子的控制下交叉，在肌肉中特异性地产生敲除的FoxO 1,3,4以产生肌肉特异性FoxO1,3,4三重敲除小鼠。这些小鼠要么自由进食，要么饥饿，随后分别提取4种情况小鼠的RNA，使用Affymetrix提供的试剂盒并根据标准Affymetrix方案制备，标记并与Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Arrays杂交cRNA，分析腓肠肌的基因表达。

GEO数据库筛选差异基因

首先，打开NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)，如下图所示选择GEO Datasets，输入GDS5656，点击Search。

点击搜索到的结果

点击样品分类号，我们可以看到该研究的详情，包括文章研究内容、实验方案设计、样本详情等。

点击Analyze with GEO2R，利用在线工具进行数据分析。将4个样本分成了两组，分组完毕后，点击save al