linux重启gpu_基于GPU的NanoPore三代测序的basecalling

      Nanopore作为三代测序的代表之一，虽然其错误率非常让人蛋疼，但是价格相对亲民(一万的测序仪不香么)且具有实时测序实时分析的特点，对于不具有大型测序仪测序条件的地方有其独有的优势。Nanopore测序检测的是通过微孔的若干个碱基的电压变化信号(测序原理请自行了解)。因此，为了获得每个碱基的具体组成(即basecalling)，需要解析电信号，涉及到机器学习等方面的算法应用。目前Nanopore官方推荐的basecalling工具为Guppy，其有两种主要模式：一种是CPU模式，即利用CPU进行Basecalling；另一种是GPU模式，即利用GPU进行Basecalling。GPU模式比CPU模式要快很多很多很多。根据一份benchmark(https://esr-nz.github.io/gpu_basecalling_testing/gpu_benchmarking.html#gpu_ram_usage37)，使用高性能的GPU进行Basecalling和CPUbasecalling比起来可以说是一个在天上一个在地下。

########################想看正确姿势的这部分可以跳过###################

手头有一DELL T630，然后淘了一块NVIDIA的Tesla M40 24G的GPU，剩下的应该很EASY了。毕竟找到了一份保姆级教程(https://blog.csdn.net/Lucifer_zzq/article/details/88997018)。开干！

1、服务器安装Ubuntu16.04，/var目录单独挂载一个大的盘(>1TB)或将全部容量都挂载在根目录(/)下。

2、重启后从cuda中安装GPU驱动和CUDA，并不用单独安装GPU驱动，但是为了避免出错，我是单独安装的。cuda8下载地址位于

https://developer.nvidia.com/compute/cuda/8.0/Prod2/local_installers/cuda_8.0.61_375.26_linux-run

下载cuda8和GPU驱动

wget https://developer.nvidia.com/compute/cuda/8.0/Prod2/local_installers/cuda_8.0.61_375.26_linux-run

wget https://download.nvidia.com/XFree86/Linux-x86_64/450.80.02/NVIDIA