linux中IGV的运行,科学网—使用UCSC和IGV查看reads在基因组上分布情况 - 熊朝亮的博文...

如果想要查看reads在基因组上的情况，可选用以下两种方法(当然方法很多，在此仅列举以下两种)：

1.UCSC

2.IGV(Integrative Genomics Viewer)

以上两种方法均可以以多种格式的文件作为inFile，下面以BAM格式的inFile为例:

(一)UCSC(适用于查看文件不太大的inFile中reads在基因组上的分布情况)

本人所用的服务器上已经安装好了RSeQC的相关组件，且已设置了环境变量。下面直接从运行命令开讲：

1.对file.bam进行sort：

$ samtools sort file.bam file.sorted#得到文件file.sorted.bam；

2.对sort后的文件建立一个索引文件:

$ samtools indexfile.sorted.bam#将得到一个file.sorted.bam.bai索引文件；

3.bam2wig.py对sort后的文件进行处理:

$ bam2wig.py -i file.sorted.bam -s /leofs/noncode/xcl/references/human/hg19/hg19.fa.sizes -o ERR188040.bam.wig#注:这里的-s /leofs/noncode/xcl/references/human/hg19/hg19.fa.sizes是关于参考基因组染色体大小的参数文件，要注意版本问题，下载方法在前面的博文中有讲述。

但是，在运行一段时间后，报错:

/bin/sh: wigToBigWig: command not found

查找原因后，原来是由于环境变量所在目录下，缺少wigToBigWig文件。