Linux服务器上的IGV批量展示bam文件

有的时候需要看的bam文件太多，批量处理会方便一些。当然取决于查看的精细程度，批量处理可能不适合特别细致的检查。

1.make bam list

IGV批量处理时需要先把要处理的bam文件整理成一个txt，格式类似下面：

new
genome hg38
load xxx/file1.bam
load xxx/file2.bam
goto chr5
snapshotDirectory xxx/snapshots
snapshot chr5_view.png
exit

1. new: 启动一个新的 IGV 会话。
2. genome hg38: 设置基因组版本为 hg38。
3. load: 加载 BAM 文件的路径。你可以添加多行来加载多个 BAM 文件。
4. goto chrM: 导航到 hg38 的 chrM 染色体。
5. snapshotDirectory: 设置快照输出目录。
6. snapshot chrM_view.png: 捕获当前视图的快照，并将其命名为 chrM_view.png。
7. exit: 退出 IGV。

*分开处理保存snapshot之后需要unload当前的bam。

2.run IGV

切换到IGV所在路径：

./igv.sh -b xx/igv_load.txt

-b参数后面指定的就是之前生成的txt文件。

结果示例如下：