linux中IGV的运行,[Linux] IGV使用说明

做完mapping之后，需要知道mapped reads在基因组上的分布，所以尝试在ubuntu系统中使用IGV软件，简单记录使用过程，如下：

１．下载IGV软件

去IGV官网: http://www.broadinstitute.org/software/igv/download，下载 binary distribution类型软件

２．运行IGV软件

软件下载后，直接解压。在命令行运行：sh IGV_2.3.77/igv.sh，打开IGV界面。

注意：IGV 需要java运行环境，另外ubuntu系统需要安装X11

３．设定基因组

软件提供了一些基因组供直接选择，若需要的基因组不在选向范围内可以自己导入基因组，方法：

１)对基因组建立index：samtools faidx genome.fa，得到名为genome.fai的index文件

２)上传基因组，软件不支持压缩格式：Genomes->Load Genome from File->选择genome.fa并打开

４．打开mapping得到的BAM文件

１)sort BAM 文件：samtools sort sample.bam -o sample.sort.bam

２)对BAM文件建立index：samtools index sample.sort.bam

３)上传sort后的BAM文件：File->Load from File->选择sample.sort.bam并打开

５．查看展示的结果

Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一种探索大型综合基因组数据的高性能交互式可视化工具。它支持各种各样的数据类型，包括基于芯片测序、二代测序数据和基因组注释数据等。详细信息：http://www.broadinstitute.org/software/igv/

1、使用igvtools 将*.bam文件转换成相应的*.tdf文件(节省空间)，*.tdf文件有其对应的可查看的文本*.wig文件。

在大型机上将igvtools压缩包上传到个人工作目录，解压，然后在.bashrc_programs中加载包的路径即可使用。格式转换命令如下：

igvtools count -z 5 -w 25 *.bam *.bam.tdf hg19

igvtools count -z 5 -w 25 *.bam *.bam.wig hg19

(help文件说tdf和wig可以同时转,中间用逗号隔开即可)

-z 分配最大的zoom level 水平

-w 每个track记录的碱基数

…

**提示：使用igvtools命令时要使bam.bai文件(bam的索引文件，可用samtools的index命令建立索引文件)与bam文件在同一个文件夹中

(更多参数参见http://www.broadinstitute.org/software/igv/igvtools_commandline 或者 igvtools help count)

2、本地安装igv 在igv官网下载界面进行下载

(http://www.broadinstitute.org/software/igv/download)

windows用户下载 Download Binary Distribution ,下载后解压，运行igv.jar 文件即可

再用file -> load from file 选项导入*.tdf文件,在导入文件之前要选则自己需要的参考基因组,在此包括人、牛、马、鸡、猩猩、狗、小鼠、线虫、果蝇、噬菌体等等。

3、导入后查看填写图片摘要(选填

1)在选择感兴趣的区域时，应先单击染色体，当按钮从灰色变成有红色时再点击它，并在染色体区域选择感兴趣的起始位置即可，无需拖拽。

2)选择想要查看的基因列表，如下图所示

3)输入序列集以及参考基因组的各项参数调整。

包括调整每个track的颜色、高度，字体大小，图形的表现形式(包括热图、条形图、点图、线图)以及一些其他图示参数。参考基因组的展现形式包括collapsed、expanded、squished三种。

4)一些更深入的调节与查看

View –>preference 则出现以下图框，有多重参数调整，具体的选择根据个人需要而定。

View ->color legends 调整相应图标的颜色(这是在包含有这些数据类型的输入数据可做的颜色调整)

5)一些快捷键的使用参见

http://www.broadinstitute.org/software/igv/keyboard_shortcuts

4、图片下载

File –>save image 选择存储路径即可