freesurfer入门-试图理解freesurfer输出的数据

因为一些原因想要学习使用freesurfer,虽然照着tutorial跑了起来但是完全不知道跑出来的是个啥,所以准备弄一篇文章记录每个部分是干啥的,此文为记录
能记多少是多少吧…

首先要提一下比较常见的两个词:lh和rh
如果我没理解错的话,lh是left hemisphere,指的是大脑左半球,rh是right hemisphere,指的是大脑右半球,以下不同的后缀表示不同的文件类型,而前面一般都是这两个词

label

一些标签数据,但是没找到用法和理解方法

mri

mri文件夹下一般是输出卷(output volumes),还包括两个文件夹org和transforms

org

存了一个mgz文件,如果按拼写,org很想original的简写,大概是源文件的意思?

transforms

这个没弄懂干嘛的

mri下的输出卷:
.mgz文件:分割文件
brainmask.mgz : 颅骨剥离体积,主要用于故障排除
wm.mgz : 白质遮罩,主要用于故障排除
aseg.mgz : 皮质下分割
aparc + aseg.mgz : parcellated cortical ribbon和the segmented subcortical structures

scripts

用于配置系统构建的程序源文件,与freesurfer的输出关系应该不大

stats

保留一些统计信息
aseg.stats 皮质下分割的统计输出
aparc.stats 皮质细胞的统计输出

surf

该文件夹下存放的是surface（表面，也有翻译为曲面）信息
.pial : pial surface 该文件类型为软膜表面(翻译结果可能不准确,但是可以查到大概是什么)
.white : white surface (翻译为白色表面)显示了白质和灰质之间的边界
.inflated : inflated surface 膨胀表面,用于进行一些分析(图片来源)

.thickness : 应该是指的厚度层,在freesurfer中好像是叠加使用(图片来源)

2023年 12月 22 日补充

后面工作没有使用freesurfer了，因为不是医学专业的
这里补充一些作为一个计算机科学方向的学生可能用到的部分（这是在一个做脑区分割的论文团队的github上问到的）：
在freesurfer文件中，有一个aseg.mgz文件和orig.mgz文件，这两个文件分别对应分割的脑区和分割前的原始图像
后面我用到的训练集都是用这两个数据构建的