Explicit valence for atom...is greater than permitted(NoneType object has no attribute GetConformers

最新推荐文章于 2024-09-15 11:49:39 发布
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分类专栏： python 文章标签： git
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_39417324/article/details/120625412
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在使用RDKit解析pdb文件时遇到'Explicit valence for atom...is greater than permitted'(NoneType object has no attribute GetConformers)的错误。通过查看git上的相关问题讨论，虽然没有明确的解决方案，但可以尝试修改函数参数以避免返回None。具体错误代码及解决办法提及需要为函数添加某些参数，以确保在遇到此类错误时能继续解析过程。对于参数详情，可以通过Ctrl+点击函数来查看其内部实现。
摘要由CSDN通过智能技术生成

我在使用rdkit解析pdb文件的时候，就遇到了这个问题，这个问题其实前人有好多遇到的，我在git上找到了相关原因，但是git上并没有给一个比较明确的解决办法，关于报这个错误的原因的就不解释了，大家想知道的点下面的连接：
https://github.com/ReactionMechanismGenerator/RMG-Py/issues/1278
git上不去的点下面的连接
https://sourceforge.net/p/rdkit/mailman/message/23861634/
错误代码：

pdb=MolFromPDBFile(r'/home/qin/Desktop/modify_pdb/1PPE_r_u.pdb.ms'
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rdkit&python | 修正化合物中原子价态错误
ASKCOS博客
08-21 2581
错误smiles价态纠正 mol = Chem.MolFromSmiles('C[CH2+]1(C#N)CC1') RDKit ERROR: [08:03:09] Explicit valence for atom # 1 C, 5, is greater than permitted BOND_TYPE = [0, Chem.rdchem.BondType.SINGLE, Chem.rdchem.BondType.DOUBLE, Chem.
error while loading shared libraries: libgfortran.so.4: cannot open shared object file: No such file
weixin_39417324的博客
12-28 3757
注意，这个错误处理的是libgfortran.so.4 有很多，一般都是error while loading shared libraries:libgfortran.so.x 我们这里处理的是libgfortran.so.4 如果大家要处理别的，换换下面的命令即可，如果就是libgfortran.so.4，那么用下面的命令(针对ubuntu系统)即可 sudo apt-get install libgfortran4 在这里，还需要补充一点，如果你是centos，请用下面的命令： sudo yum i
Explicit valence for atom # 4 C, 6, is greater than permitted
weixin_47880303的博客
02-16 793
Explicit valence for atom # 4 C, 6, is greater than permitted
解决Rdkit Explicit valence for atom # 1 C, 5, is greater than permitted，价键不对的问题
最新发布
小青儿的生信小课堂
09-15 489
本文主要介绍如何利用RDKit解决化合物SMILES表示中出现的原子价态错误，报错Explicit valence for atom # 1 C, 5, is greater than permitted。出现以上问题主要是原子的价键有问题，第一个C原子有5个键，所以出现上面这个报错。只要重新设置一下第一个原子的键价即可。至此已经解决，欢迎大家提出问题，我们随时交流。**验证：**输出是否已经正确。
Boost.Python.ArgumentError: Python argument types in错误解决及Boost安装配置
CycloneKid的博客
04-16 8273
报错信息 运行Python程序时报错，报错信息如下图所示。先检查函数使用的是否正确，如果确定没有问题，那么很可能是boost的安装配置问题 Boost库简介 Boost库是为C++语言标准库提供扩展的一些C++程序库的总称。 Boost库是一个可移植、提供源代码的C++库，作为标准库的后备，是C++标准化进程的开发引擎之一。 可下载Boost C++ Libraries安装boost库。大部分b...
Stable Diffusion架构的3D分子生成模型 GeoLDM - 测评与代码解析
wufeil7的博客
01-06 2473
之前，向大家介绍过3D分子生成模型 GeoLDM。GeoLDM按照Stable Diffusion架构，将3D分子生成的扩散过程运行在隐空间内，优化了基于扩散模型的分子生成。可能是打开Drug-AIGC的关键之作。让精确控制分子生成有了希望。因此，我特意测试了一下代码质量。
Tensorrt7: AttributeError: ‘NoneType‘ object has no attribute ‘create_execution_context‘
qq_37635157的博客
01-11 5775
对于错误： AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'create_execution_context' 在engine前添加以下两行 last_layer = network.get_layer(network.num_layers - 1) network.mark_output(last_layer.get_output(0)) 这可能会继续引发以下错误 python: ../builder/Network.
出现 AttributeError: ‘Upsample‘ object has no attribute ‘recompute_scale_factor‘ 的解决方法
码农研究僧的博客
03-14 2767
最主要是pytorch版本可能不适应不兼容，导致一些包的属性已经用不上。由于博主一直出现这个问题，为减少复杂度，直接在源码中去除该属性。也就是这个代码块没有这个属性，对此需要对比下源码知识点。
AttributeError: 'DistributedDataParallel' object has no attribute 'blahblah'
Xia Qiaolin - CSDN
05-12 3967
Pytorch DDP would fail when using the parameters directly to calculate the loss. These are my scripts: # train.py: class Model(nn.Module): def __init__(self, params): ... self.xnli_proj = nn.Linear(dim, 3) ... model = Model(params) output = model.x
【RDKit】Python化学包RDkit的教程
Glimmer
07-10 1万+
官方地址 http://www.rdkit.org/ 本文不再给出安装方法，读者可自行网上搜索。 教程 说明：如果某一行有注释，则该注释表示该行的输出 读取文件 RDKit能读取各种各样的化学结构文件，类和方法主要在rdkit.Chem.rdmolfiles这个模块下，因此需要先导入包 from rdkit import Chem 以sdf文件为例，官方给出了4种等价的读取方法，这些方法返回一个...
RDKit 操作分子对象
qq_36801966的博客
05-29 5479
文章目录1 引入所需库2 获取分子中的原子3 获取原子的坐标信息4 访问单个原子的信息4.1 访问所有原子：5 分子中的键操作5.1 也可以通过索引获取键：6 获取分子中所有的环 1 引入所需库 #! /usr/bin/python # coding: utf-8 # rdkit 操作分子对象 from rdkit import Chem 2 获取分子中的原子 smi='CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C=CC(=O)NC2=O)(C)F)O)OC3=CC=CC
解决 TypeError: 'NoneType' object has no attribute '__getitem__'
qq_33221533的博客
10-26 4万+
其实这个问题的出现一般是某个变量是空，也就是'NoneType'类型导致的，大致按照这个方向排错即可解决。最近在处理一个图片问题的时候，大致写的代码是把某个路径下面的图片找到，读到内存里面，在依据x1，y1; x2, y2四个坐标值把图片的ROI扣下来，其中有一段代码是这样写的： # 遍历 for every_capture_image_dict in cont...
Pycharm报错：AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'get'的解决办法
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Frederick_Bala的博客
01-23 8万+
最近在使用pycharm调试python的model时发现报错AttributeError: ‘NoneType’ object has no attribute ‘get’，如下图： 百度和谷歌了好久，发现有此错误的大有人在，原因也各不相同。错误直译是属性错误，网上有的人是单词拼写错误，有的是数组类型错误，有的是因为模块没有导入，还有的是因为没有设置返回路径，所以返回值为“None”…总之大家的...
python对两个list取交集、并集、和异或
weixin_39417324的博客
04-10 9415
第一种方法：使用python基本数据结构set集合。 优点：集合运算长度可以不一致，运算效率高 缺点：两个进行运算的集合中不能够含有重复的元素，如果含有的话，转成set集合后，会自动去掉重复元素 a=[1,2,3] b=[1,2,6,9,12] print(set(a)&set(b)) #交集 print(set(a)|set(b)) #并集 print(set(a)^set(b)) #异或，就是两个集合去掉交集的那部分 print(set(a)-set(b)) #差集，就
python 画折线图 并标记
weixin_39417324的博客
03-27 9030
首先安装plt相关的包，其实也就是画图相关的包，好像叫做Matplotlib 无所谓，安装包的命令行给你，直接粘，然后复制代码，直接跑就好 pip install pytest-plt 下面就是代码了 import matplotlib.pyplot as plt x = [0,20,40,60,80,100,120,140,160,180,200] y = [0,2.3,4.5,6.5,8.5,9.9,10.9,11.9,12.5,12.9,13.4] x2 = [0,20,40,60,80,10
{RuntimeError}“nll_loss_forward_reduce_cuda_kernel_1d_index“ not implemented for ‘Float‘
weixin_39417324的博客
12-27 8882
应该是使用损失函数的时候，遇到了这个问题，意思就是说，这个函数的某个参数不支持Float类型的： F.nll_loss(out, target) 这个函数就是算损失，一般来说，这个函数使用应该遵循下面两点： 第一点，应该前后维度一致，如果你的batchsize大于1，那么可以都展开成为一维的 第二点，out的类型是cuda类型的float，target是long()类型的 F.nll_loss(out.squeeze().flatten(), target_class.flatten().long())
explicit valence for atom # 14 n, 4, is greater than permitted
11-23
explicit valence for atom（原子的显性化合价）是指原子在化学结构中以共价键的形式与其他原子结合时所能形成的化学键的数量。在化学结构中，原子的显性化合价决定了其可形成的共价键数量，是描述原子在化合物中的化学性质和反应性的重要因素。 原子的显性化合价可以通过元素的周期表位置和化合物的Lewis结构来确定，并且通常与原子的电子构型有关。例如，氧元素的电子构型是1s² 2s² 2p⁴，因此它的显性化合价为2，意味着氧原子可以形成两个共价键。又如，氯元素的电子构型是1s² 2s² 2p⁶ 3s² 3p⁵，所以它的显性化合价为1，即氯原子可以形成一个共价键。 知道原子的显性化合价有助于我们理解分子的结构和性质，同时也有助于预测化合物的合成途径和化学反应。在有机化学中，了解原子的显性化合价也有助于我们设计合成路线，制备目标化合物。 总之，原子的显性化合价是原子在化学结构中可以形成的共价键数量，对于理解化合物的性质和预测化学反应具有重要意义。
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