坐道机器人xy基因改变yx基因_[J1-基因测序基础知识] 全基因组测序与覆盖深度...

1 测序深度概念

Coverage ratio（覆盖比率，亦简称覆盖率，亦称基因组覆盖率），指被测序到的碱基占全基因组大小的比率。

Coverage depth (覆盖深度，亦称测序深度，或者碱基平均测序深度)，指每个碱基被测序的平均次数。即测序的数据总量比基因组大小

2 测序深度计算公式

第二代高通量测序的迅速发展的同时，也带来了新的名词，由于这些名词尚无特别明确的定义，因此，对计算公式的定义可对评估及后续的理解带来进一步的帮助。

平均测序深度：测序所得的碱基总数(raw data or clean data)/基因组大小

有效平均测序深度（mapped depth）：比对上基因组的数据/去N区后的基因组大小。

3 测序深度与有效测序深度

1. 测序所得的数据（raw data 或clean data）易定量定性，测出来的数据真实反应样品及文库信息。

2. Mapped data不易定量，因为比对受不同的因素影响：

a. 不同的物种比对差异非常大.

b. 同样的物种，不同的样本差异非常大，如部分肿瘤样品、FFPE样品比对率会出现异常情况。

c. 样品的取材部门及环境可能会影响比对结果。样品污染也可能会造成比对率大幅度下降。在没有比对前，我们不可能很清楚样品的具体信息。如唾液样本，其比对率就会下降非常多，其原因就是有杂菌污染

d. 不同的比对软件和参数设置可能导致比对率差异。如相同的数据，BWA与SOAPalign相比，map-rate要多出2%以上。

4 不同平均覆盖深度下的单碱基分布图

覆盖均一性被认为是全面衡量测序数据质量最好的方式之一。与理论泊松分布图极为接近单碱基深度分布图，可真实地反应该样品数据的均一性高。通常来说，数据量越大，冗余越多，随机性也会相应地降低，因此与理论泊松分布图的偏差会测序深度的增加而增加（表3）。30X的数据，其泊松分布图SD值在2.0左右都可说明其数据均一性高。

图1 不同平均覆盖深度下的单碱基分布图

5 不同平均测序深度累积分布