实验技术—测序数据不好,可能是建库出了问题?(上)

本文回顾了核酸质检的重要性,并详细介绍了DNA文库构建的基本步骤,包括DNA片段化的适宜长度、方法及其选择考虑因素。针对DNA打断的酶法和超声波打断的优缺点进行了分析,并提出了片段化不足与过度的问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成

回顾

        在建库之前,我们需要对先前提取的核酸进行质检。只有质检合格的样本才能继续建库、测序、分析。(质检的内容在上一章节也有描述)这里再回顾下质检的内容主要分以下几部分:

1.  凝胶电泳实验: DNA是否降解 ,是否有其他的污染(跑胶, 与marker条带比较)

2. 紫外分光光度计测OD值: 检测提取DNA纯度情况(OD260/OD280比值约接近1.8,说明提取DNA纯度越高)

3. Qubit浓度定量。

DNA文库构建

常规基本的步骤有:1 DNA的片段化、2: 末端补平,3 端加A 、4  连接测序接头、5 PCR扩增和纯化。

01 DNA的片段化

        建库的第一步就是获得片段大小合适的DNA分子,那么就需要对DNA 进行打断.

问题:那么问题来了,DNA打断多少bp合适?

        1.取决于测序仪,比如准备上PE150, 那么打断的片段可以在300bp左右,比如上SE50,只要打断50~100bp即可;(这里没有理解的话,要和测序原理联系起来)

        2.取决测序的目的

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