测序深度和覆盖度（Sequencing depth and coverage）

最新推荐文章于 2024-06-21 10:57:08 发布
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本文探讨了测序深度和覆盖度在基因组分析中的重要性，包括二代和三代测序的不同需求。对于de novo组装，重测序，转录组和外显子研究，每个都要求不同的数据深度和覆盖度。二代测序通常推荐至少50X的覆盖度，而三代测序则需要更少的深度，但可能需要结合二代数据。四种主要的研究设计——de novo测序、重测序、转录组测序和基因定位分析，各有其特定的测序深度和覆盖度要求。
摘要由CSDN通过智能技术生成

总是跑数据，却对数据一无所知，这说不过去吧。

 

看几篇文章吧

Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses（只讲二代）

Assembly of large genomes using second-generation sequencing（参考文献）

Identification of optimum sequencing depth especially for de novo genome assembly of small genomes using next generation sequencing data（二代最佳测序深度：50X）

Large Genome Assembly with PacBio Long Reads（已更新）（纯三代最少50X，二三代联合：任意深度，策略不同&

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weixin_33943347
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测序名词解释
watermel__的博客
12-16 758
假设对一段2000 bp（G：测序目标区域大小）的目标序列进行单端测序，得到1000条reads（N：读段数目），每条reads 200bp（L：读段长度），测序后把所有的reads比对到目标区域后，若2000bp的目标区域中有1800bp的位置至少有1个read覆盖到，而剩余的200bp没有任何read覆盖到，如果RNA-seq的目标是发现新的稀有的转录本，如noncoding RNA或mRNA新的可变剪接，考虑到这些转录本的低表达和建库方案产生的偏差，估计需要超过400 M reads。
NLP-生成模型-2016：Seq2Seq+Attention+Coverage 【覆盖机制：解决编码端信息(词)的过使用/欠使用问题（Attention机制不能清楚地知道哪些信息被用过或没被用过）】
u013250861的博客
02-28 1203
自然语言处理(NLP)
测序数据量，测序深度和测序覆盖度
weixin_47151413的博客
03-01 1万+
测序数据量： 常见的测序量概念有 M 和 G ，for example  10M  和 10G 解释： M 常用于描述reads 的数量。 例如 10M 就是 10 *10^6 条reads G 常用于描述这一批次测序共有的碱基数量。 例如 10G 就是10*10^9个碱基 M 和 G 之间的关系 比如说对于3G测序量的理解： 3G指有 5*10^9 个碱基，假如采取illumia...
电商数据：准确性与覆盖率的关键意义
最新发布
liweigo888的博客
06-21 273
如果采集到的数据仅仅是部分内容，例如以品牌关键词进行数据采集时，只能采集到不足百分之五十的数据链接，那么被遗漏的另外一半数据，很可能导致品牌在对经销商进行治理时出现不全面的问题。所以，在采集数据时，数据的全面性至关重要。无论是基于关键词采集数据，还是采集某个店铺的数据，亦或是采集一条链接里的不同规格，都必须做到采集全面，不遗漏任何款式，只有这样才是有效的电商数据采集。实际上方法较为简单，只需将采集到的数据与电商平台中搜索到的数据进行对比，通过页面上的价格、销量、评价量、店铺名称等字段即可进行准确率的比较。
NGS 测序深度和覆盖度—Depth、Coverage
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鬼话
09-12 1万+
覆盖度（Coverage）：测序获得的序列占整个基因组的比例。即基因组上至少被检测到一次的区域，占整个基因组的比例。一般为「百分比」深度（Depth）：一般用1× 、2×、3×……表示。测序的得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，即基因组中每个碱基被测到的平均次数，简而言之，测序的数据量比上参考基因组或者转录组的值。PS：这两个概念在很多文章中的表述都不一样，具体要根据描述，是哪种概念如图所示，两个概念在两个“维度”，描述了测序的情况（横向：覆盖度Coverage；纵向：深度Depth）
2020.8.25丨微生物基因组重测序流程梳理
08-25 4163
微生物基因组重测序流程产品概述基本概念产品优势研究内容分析流程图数据产出及处理测序质量报告标准信息分析初级组装及评价比较基因组分析SNPCalling计算统计SNV的等位基因频率在全基因组上的分布分析对象包括全新预测的SNP，indel，large deletion, 以及外显子SNP在每个等位基因频率类别下的数目比率（fraction）。计算SNP，Deletion，以及Insertion 大小分布。InDel检测及在基因组的分布:CNV拷贝数变异与SV结构变异检测及在基因组中的分布:变异类型注释（发生区
转录组问题汇总
weixin_45044758的博客
08-10 1610
转录组测序不同重复之间的相关性多少合适？测序的深度如何把握？ p > 0.05 ；相关系数r>0.95 测序深度，是测序量除以基因组的长度，例如测序深度10，就相当于测了10次全基因组，50就是测了50次。 测序reads数和测序碱基数之间如何换算？ “单端测序” :数据量=reads 长度 * reads个数 （reads长度很容易得知，reads数目可以用￥wc -| file.fastq统计出来的结果除以4，因为1个reads在fastq文件里通常 是用4行信息描述。） “
测序深度的计算，你真的掌握了吗
庐州月光的博客
03-02 8921
欢迎关注”生信修炼手册”!计算测序深度是数据分析中的一个常规操作，常用的工具有以下几种1. samtools depth命令如下samtools depth input.bam >...
coverage-depth:使用Apache Spark生成基因组覆盖深度直方图
05-12
当使用间隔文件在两个样本上运行时，对于所有（X，Y），它可以绘制一个样本中≥X深度而另一个样本中≥Y深度覆盖的目标基因座的比例： 本地运行 在： $SPARK_HOME /bin/spark-submit \ --properties-file $spark_...
mosdepth：用于WGS，外显子组或靶向测序的快速BAMCRAM深度计算
02-03
快速的BAM / CRAM深度计算的WGS ，外显子组或靶向测序。 mosdepth可以输出： 每个碱基的深度约为快速samtools depth 2 samtools depth -30倍基因组的CPU时间约为25分钟。 给定窗口大小的平均每个窗口深度-用于CNV调用。 给定区域的BED文件的平均每个区域。 给定窗口大小的平均或中位数每区域累积覆盖率直方图 每个染色体和全基因组的指定阈值以上的碱基所占比例的分布。 合并相邻碱基的量化输出，只要它们落入相同的覆盖区域即可，例如（10-20） 阈值输出，以指示在给定阈值下每个区域覆盖了多少个碱基。 每个染色体以及每个染色体指定区域内的平均深度的摘要。 文件（比bigwig更好）。 在适当的情况下，将输出文件进行bgzip压缩并建立索引以便于使用。 用法 mosdepth 0.3.0 Usage: mosdepth [options] <prefix> <BAM> Arguments: <prefix> outputs: `{prefix}.mosdepth.global.dist.t
deepTools:处理和分析深度测序数据的工具
05-13
用户友好的工具，用于探索深度测序数据 deepTools解决了处理现在从DNA测序中心常规生成的大量数据的挑战。 deepTools包含有用的模块，用于处理映射的读取数据以进行多次质量检查，以标准bedGraph和bigWig文件格式...
基因测序行业深度报告：未来大健康领域黄金赛道-申万宏源-202112.31-77页.pdf
01-05
基因测序行业作为大健康领域的黄金赛道，近年来发展迅速，主要得益于二代测序(Next-Generation Sequencing, NGS)技术的广泛应用。NGS技术以其高通量、低成本的优势，推动了肿瘤、病原微生物、消费级基因检测等多个...
rasusa:随机子样本测序读取到指定的覆盖率
05-25
镭ndomly苏b SA mple测序读取到指定的范围。 目录 用法 基本用法 必填参数 可选参数 充分使用 蛇纹 基准 单个长读取输入 配对输入 贡献 引用比比克斯 动机 我找不到满足我要求的用于对样本进行二次采样的工具。 我...
转录组测序技术和结果解读（二）——文库构建和测序策略
wangprince2017
09-22 6528
文库构建 转录组测序文库是以样本的Total RNA为基础，从中提取mRNA构建测序文库，因此文库构建包括mRNA富集和碎片化、mRNA反转录、接头添加和PCR富集等过程。 文库构建流程 mRNA富集 在生物的Total RNA中，mRNA所占比例很低，绝大部份时核糖体RNA (rRNA)，因此如果直接使用Total RNA进行测序，得到的结果必然是不准确的，因此需要先将Total RNA中的mRNA分类纯化出来。 转录组测序的文库根据待测样品的物种分为真核转录组和原核转录组。由于真核生物和原
高通量基因组测序中，什么是测序深度和覆盖度？
anyi6536的博客
12-01 5528
在搜索资料时看到的这个名词（http://www.bioask.net/question/1552），好奇心来了，搜索一番，解释如下 高通量基因组测序中，什么是测序深度和覆盖度？ 测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。 覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复...
#ncbi #blast
m0_73542388的博客
09-15 7081
ncbi blast基因序列比对
群体遗传学习笔记-测序技术学习
wangprince2017
02-26 4275
群体遗传学习笔记-测序技术学习 重测序技术简介 全基因组重测序(Resequencing)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。通过全基因组重测序，将不同梯度插入片段（Insert-Size）的测序文库结合短序列（Short-Reads）、双末端（Paired-End），可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、拷贝数变异(Copy Number Variation，CNV)、插入缺失(InDel，Insertion/Deletion)、.
测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
06-03
好的，我来为您解答这个问题。 测序数据的基本信息统计包括reads（reads数）、coverage（覆盖度）和depth（深度）三个指标。 1. Reads指reads序列的数量，也就是测序仪所输出的序列数。它反映了测序数据的数量大小，通常以“百万”（million）或“亿”（billion）为单位。 2. Coverage指测序数据覆盖目标序列的深度。它是指测序数据中每个位置被覆盖的平均次数。覆盖度越高，意味着每个位点被读取的次数越多，测序数据的可靠性越高。通常情况下，覆盖度应该达到目标区域的要求（如基因组测序覆盖度一般要求在20X以上，外显子测序覆盖度一般要求在100X以上）。 3. Depth指每个位点的测序深度，也就是每个位点被测序的次数。深度越高，意味着该位点的测序数据越可靠，但同时也增加了测序成本。 以上是关于测序数据基本信息统计的解释，希望能够帮到您。
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