linux常用编程命令,【linux编程】生信编程-Linux常用命令-01

shell编程

基础命令

软件环境变量设置

将软件的脚本设置到个人环境变量中

echo "export PATH=$PATH:/opt/biosoft/vcftool/bin/" >> ~/.bashrc

source

查看文件

head -n 5

tail -n 5

cat -n 显示行号，全面内容显示

more ，分页显示

less -S file_name 不拆行

less -SN 格式化排版,显示行号

ls -lht 显示文件的详细信息，大小，时间

文件管理

touch new_file 创建文件

echo "hello world" > data.txt 重定向，覆盖

echo "hello world" >> data.txt 重定向，追加

rm file_name 删除文件

rm -r dir 删除目录

rm -rf * 删除文件夹下所有内容，无提醒

mv -f file1 file2 ~/Box 将文件移动到文件夹里，无提醒

mv file1 file2 将文件file1 命名为file2

mkdir -p /dir1/dir2 创建多层文件夹

链接

软链接，将原文件生成快捷方式，删除快捷方式，不影响原文件，可以用于文件 或目录

ln -s file1 file2

ln -s 源文件 生成的链接文件一定要全目录，否则报错

1.软链接，以路径的形式存在。类似于 windows 中的快捷方式；所以，当移动源文件的位置或修改源文件名称时，软链接会失效。

2.软链接可以对一个不存在的文件名进行链接；

3.软链接可以对目录进行链接；

4.软链接可以 跨文件系统 ，硬链接不可以；

5.不增加源文件的链接数。

硬链接，将原文件生成备份，id与原文件一样，只能用于文件，不能用于目录

硬链接，与源文件名称互为别名，不占用实际空间，直接指向文件在磁盘上的物理地址；所以无论怎样移动源文件或修改其名称，硬链接都不会失效。

2.不允许给目录创建硬链接

3.硬链接只有在同一个文件系统中才能创建

4.增加源文件的链接数。

ln file1 file2

ln 源文件 生成的链接文件

文件权限

r w x

chmod u+x test.sh 对脚本增加执行权限

chmod 777 test.sh 对所有用户增加所有权限

文件查找

find [path] [expression]

find -name trinity.fasta 当前目录下查找

find -name *.fasta 当前目录所有fasta文件

which filename 搜索文件的环境变量，所在目录

which ls 搜索脚本的所在目录

grep ">" file.fasta 查找所有> 开头的行

grep ">" file.fasta > ID.fata

cut -d 分隔符 -f 指定列 第一列为1

cut -d "" -f 1,2 |head 空格为分隔符，选取第一列，第二列

cut -f 1-10

cut -f 1,2,3,3,4,5,6

cuf -f 1,2,3,5-8

wc -l filename 显示行号

sort filename 按第一列ASCII码排序

sort -k 2 -n filename 按第二列排序的数值大小排序，从小到达

sort -k 2 -n -r filename 倒序

sort -u filename 删除重复的行，相当高于sort file|uniq

sort file |uniq -d 显示重复的行

sort file |uniq -c 显示每行出现的次数

sort -k 2 -n file |cut -d " " -f 2|uniq -c 将第二列进行每行的次数统计

压缩

gzip file 压缩 ，不会保留原文件

gzip -c file.fasta file.fasta.gz 生成压缩文件，保留原文件

gunzip file.fasta.gz 解压文件

gunzip -c file.fasta.gz 保留文件

zcat file.fasta.gz |less -S 查看压缩文件

打包

tar

-c 压缩 -v 显示压缩过程 -f指定压缩文件 -z 用gzip压缩文件 -x解压文件

tar -zxvf file.tar 解压文件

tar -zcvf file.tar.gz file1 file2 压缩文件

后台运行

防止：当关掉连接终端或者其它原因，如网络不稳定等，运行中的程序也会自动被中断。

nobup script.sh &

[1] 106421

运行后生产PID号

可以使用ps或top查看某个程序ID

如果想中断某个程序，

kill PID

远程数据传输

scp [参数][原路径][ 目标路径]

scp file1 user@ip:/home/user/data 将文件传输到远程电脑

scp user@ip:/home/user/data/file1 /home/user/data 将远程电脑传到到本电脑

scp -r 传输目录

cp -r 拷贝目录

ssh user:passwd@ip 远程登录

readlink -f file1 查看文件的完整路径 /home/manager/Test/file1

pwd 查看当前目录的路径

ifconfig 查看ip地址，一般为第二行的inet addr:192.168.1001.70开头

文件下载

wget url 下载url地址的文件

axel -n 8 如果文件很大，可以多线程下载。(有些网站上的文件不支持这个命令，这时就用 wget)

目录路径

/home/shengwu004/example/longReads.fa

basename /home/shengwu004/example/longReads.fa

获得

longReads.fa

basename /home/shengwu004/example/longReads.fa .fa

获得

longReads

dirname /home/shengwu004/example/longReads.fa

获得

/home/shengwu004/example/

readlink -f file 获得全路径文件路径

pwd 获得当前文件夹路径

查看服务器配置

df -h 服务器的磁盘大小和使用情况

du -h 可以查看某个目录中所有文件的大小

查看帮助

man

--help

-h

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