生信中的linux基础命令

最新推荐文章于 2023-03-28 21:46:23 发布

岁月可回首

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分类专栏：生信文章标签： linux

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_45563622/article/details/104978309

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本文介绍了Linux系统的基本概念，包括文件结构和命令格式。详细讲解了文件夹与文件管理的相关命令，如ln、tar、ls、cd等，并重点讨论了文本查看、操作和统计的命令，如cat、head/tail、wc、grep、sed和awk。这些命令对于生信分析至关重要，尤其是文件处理的三驾马车——grep、sed和awk，它们在处理大量文本数据时非常实用。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1.Linux系统简介

1.1文件结构

在Linux中，一切皆为文件

文件(特殊)种类：d(目录)、l(链接)
文件权限：r4、w2、x1

在这里插入图片描述

1.2命令格式

命令 + 参数 + 文件

command [-options [parameter]] [FILE]

说明：

[]代表有时候可以忽略

-options: 选项，用来对命令进行控制，也可以忽略

两种格式： -h, -help

parameter:传给命令的参数，可以为零个、一个或者多个

2.文件夹与文件管理

常用的命令有 ls、cd、pwd、mkdir、touch、mv、rm、cp、tar、ln

2.1 ln

创建link链接，链接分为软链接和硬链接，常用软链接，但硬链接为默认链接
软链接类似win的快捷方式

参数	作用
null	创建硬链接
-s	创建软链接

ln -s TARGET(目标文件，一般给出绝对路径) DIRECTORY(快捷方式的位置)

在这里插入图片描述

2.2 tar

tape archive 压缩或者解压文件

参数	作用
-c	创建压缩文件
-x	解压缩
-f	输出结果到文件或设备
-v	在处理文件时显示文件（显示文件处理进度）
-j	将输出重定向给bzip2命令
-z(常用)	将输出重定向给gzip命令

#解压
#tar [参数] [待解压包]
tar -zxvf test.tar.gz
#压缩
#tar [参数] <压缩后文件名> [待解压文件/目录]
tar -zcvf test.tar.gz test

2.3 ls

list information about the FILEs

参数	含义
-a	列出全部的文件，包括隐藏文件
-h	将目录容量转换为以易读的方式(例如 GB, KB 等等)
-l	列出目录的详细信息
-S	以文件大小排序
-t	以时间排序
-R	递归目录列出文件
-d	显示目录本身，而非目录下文件