options去重_UMI 去重矫正 —— gencore

最新推荐文章于 2024-08-31 09:31:44 发布
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版权
gencore是一款用于双端测序数据去重和矫正的工具，尤其针对包含UMI的测序数据，它以C++编写，提供更快的速度和更低的内存消耗。其工作原理基于读取的染色体位置和UMI信息进行聚类和去重矫正。安装可通过conda、下载二进制文件或源码编译。使用包括参数解析、基本操作和输出格式选择，如json或html。
摘要由CSDN通过智能技术生成

介绍

gencore 能够对双端测序的 NGS 数据进行 read 去重,消除文库制备和测序过程中引入的测序错误。

gencore 是用 C++ 写的，相比于 Picard 等其他工具，具有更快的速度、更少的内存消耗.

同时，能够处理包含 唯一标识符 unique molecular identifiers(UMI) 的测序数据。

原理

gencore 的原理简单来说就是：

  1. 首先根据每条 read 的染色体 id，起始位置，以及模板长度末端位置进行分组
  2. 然后，在每个分组内，根据 umi 是否相同进行聚类
  3. 在每个类中，双端测序的 read1 和 read2 分开分别进行去重矫正
  4. 去重矫正: 根据碱基出现的频率进行位点矫正，在频率过低时加入了参考基因组对应位置的碱基进行矫正

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