bam文件读取_检测bam文件的完整度-流程之殇

本来以为有bai文件就说明是流程运行是完整的，事实上我还是太年轻，最近处理一个 600个病人的肿瘤WES数据，走流程过程发现卡在CNVKIT，部分样本出现了:

File "pysam/libcalignmentfile.pyx", line 729, in pysam.libcalignmentfile.AlignmentFile.__cinit__

File "pysam/libcalignmentfile.pyx", line 930, in pysam.libcalignmentfile.AlignmentFile._open

File "pysam/libchtslib.pyx", line 364, in pysam.libchtslib.HTSFile.check_truncation

IOError: no BGZF EOF marker; file may be truncated

很明显，是bam文件有问题!

为什么bam文件报错

因为这 600个病人的肿瘤WES数据我是批量运行的，日志也是一大堆，没有心情去检查到底是哪个步骤出错。(主要是最近服务器抽风，一半的节点成为了僵尸)

就先调出错误的样本，重新跑一次流程。简单的脚本检查，发现我输出的bam文件都是有bai文件的，如下：

ls *bam|while read id;do (ls -lh ${id/bam/bai});done

也就是说，一个不完整的bam文件，软件仍然是可以为它构建bai索引文件的！

而且诡异的是

samtools view T_recal.bam|head # 没有问题

samtools view T_recal.bam|