python lncrna_使用CNCI分析lncRNA

CNCI是中科院计算所赵屹团队开发的一款从转录组中分析编码RNA和非编码RNA的软件。赵屹团队在非编码RNA领域做了很多出色的工作，建立了目前最权威的非编码RNA数据库NONCODE。

文章发表在Nucleic Acids Research：http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/08/06/nar.gkt646.long

Github主页：https://github.com/www-bioinfo-org/CNCI

CNCI的安装：

CNCI使用了SVM(支持向量机)分类，其安装过程主要是编译libsvm。

tar zxvf CNCI_version2.tar.gz

cd CNCI_package

unzip libsvm-3.0.zip

cd libsvm-3.0

make

cd ..

CNCI的运行：

基本命令为：python CNCI_package/CNCI.py -f novel.fasta -o CNCI_out -m ve -p 4

参数说明：

-f 输入fasta文件(可以使用-g参数输入GTF文件，但是同时需要使用-d参数指定参考基因组的目录)

-o 输出结果目录

-m 指定模式，脊椎动物选择ve，植物选择pl

-p 指定CPU核数

更多用法参看帮助文档

小提示：

CNCI的运行目录一定要在CNCI_package所在目录，不要到CNCI_package目录下运行CNCI，否则会报错。

fasta文件中的注释，也就是”>”开头的那一行，不要有空格，可能也会报错。如果有空格，考虑将空格替换为下划线。

软件有点小瑕疵吧……