CANTATAdb:植物lncRNA数据库

最新推荐文章于 2024-07-13 18:10:19 发布
最新推荐文章于 2024-07-13 18:10:19 发布
阅读量517 收藏
点赞数
文章标签： 数据库 大数据 数据可视化 python 编程语言
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079376
版权

欢迎关注”生信修炼手册”!

CANTATAdb数据库收录了植物中的lncRNA信息，主要通过l软件预测的方式识别植物中的lncRNA, 目前包含来自39个物种共239631个lncRNA，是目前最大的植物lncRNA数据库，网址如下

http://yeti.amu.edu.pl/CANTATA/

通过从NCBI的SRA和EBI的ENA数据库中收集植物的RNA_seq数据，通过比对组装得到转录本序列，然后通过CNCI软件来预测lncRNA。

通过导航栏的Search菜单，可以从下拉列表中选择感兴趣的物种，查看对应的lncRNA信息，以水稻Oryza sativa为例，检索框示意如下

可以通过CNCI软件预测结果，肽段长度，表达量，外显子个数等参数对结果进行筛选。网页的第二部分展示的是筛选后的结果总数，示意如下

最低0.47元/天 解锁文章
生信修炼手册
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
python lncrna_使用CNCI分析lncRNA
weixin_39588265的博客
12-10 1000
CNCI是中科院计算所赵屹团队开发的一款从转录组中分析编码RNA和非编码RNA的软件。赵屹团队在非编码RNA领域做了很多出色的工作，建立了目前最权威的非编码RNA数据库NONCODE。文章发表在Nucleic Acids Research：http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/08/06/nar.gkt646.longGithub主页：h...
原始文库数据分析
bio_meimei的博客
07-03 1329
文章目录clean data解压使用工具trinity，从头组装 clean data解压 测序公司给出的数据都是clean data，所以可以直接进行解压 gunzip *.gz 解压之后进行组装 使用工具trinity，从头组装 使用Trinity之前需要安装bowtie2和salmon最新版本， bowtie2安装： sudo apt install bowtie2 salmon安装： ...
Nucleic Acids Research | NONCODE数据库V6版发布，涵盖全面的动植物长非编码RNA注释
悟道西方
12-05 847
长非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一类长度大于200nt的非编码RNA。大量研究表明，lncRNA具有重要的调控功能，在植物和动物的各种生物学过程...
PlncRNADB:植物lncRNA数据库
庐州月光的博客
01-22 619
欢迎关注”生信修炼手册”!lncRNA在生命活动中发挥重要作用，不仅在哺乳动物中广泛存在，在植物中也是存在的，目前植物中的lncRNA研究相对动物而言较少，只有水稻，杨树，苜蓿，棉花等几...
GreeNC:植物lncRNA数据库
庐州月光的博客
01-25 846
欢迎关注”生信修炼手册”!GreeNC数据库收录了植物和藻类的lncRNA信息，网址如下http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page...
plantcircbase:植物环状RNA数据库
庐州月光的博客
02-17 526
欢迎关注”生信修炼手册”!plantcircBase是一个植物环状RNA的数据库，网址如下http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/index.php该数据...
LncRNA-ID:使用平衡随机森林的长非编码 RNA 识别
06-19
LncRNA-ID 该项目包含 Rujira Achawanantakun、Yanni Sun 和 Yuan Zhang使用平衡随机森林的论文Long non-coding RNA IDentification 的支持脚本和数据。 文件 脚本： expression.sh：计算编码区和3'utr中的表达 getSeqFromGenome.sh：从基因组序列中获取基因和 lncRNA getSequenceFromBedFile.sh：从床格式文件中获取序列 DNA2Protein.cpp：使用多帧翻译将 DNA 序列翻译成蛋白质序列 数据： 数据可在 下载。 我们实验中使用的数据文件被组织到以下四个文件夹中： H1_gencode/ : 人类 GENCODE 数据集 (H1) M1_gencode/ : 鼠标 GENCODE 数据集 (M1) H2_cpat/ : CPAT
RNA-seq分析-数据库
qq_44520665的博客
02-07 5452
！！！！声明：不是原创，我只是方便自己学习，原文指路 NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库 所有已发表文献中的高通量测序数据大多会上传到某个数据库中方便其他人的下载学习与再研究，这其中受众最广的自然是出身NCBI的SRA数据库。同时出身EBI的ENA数据库对于下载数据有很多便利之处，所以在具体下载文件之前先了解一下这两个数据库的情况。 NCBI与EBI同属于INSDC:International Nucleotide Sequence Database Collaboration，提交给所属三个数
lncPepid:识别lncRNA编码的短肽的计算模型
03-22
lncPepid FS-WI是运行FS-WI功能选择方法的工具。... lncPepid.py是用于识别lncRNA编码的短肽的模型。 您可以使用以下命令来运行python文件。 python lncPepid.py test.fa pos_smaples neg_samples
中文matlab加载代码-TPGLDA:通过lncRNA-疾病-基因三方图预测lncRNA与疾病之间的关联的新方法
05-22
通过lncRNA-疾病-基因三方图预测lncRNA与疾病之间的关联的新方法 ======================= TPGLDA软件说明（版本1.0.0） 开发者：中国科学技术大学信息科学与技术学院健康信息学实验室的丁亮 要求 4GB内存 MATLAB R...
EPLMI-master.zip_EPLMI_lncRNA_lncRNA-miRNA_预测
07-15
《EPLMI-master.zip——揭示lncRNA与miRNA的神秘联结》 在生物信息学领域，lncRNA（long non-coding RNA）和miRNA（microRNA）的研究正日益受到关注。EPLMI（Enhanced Predictive Model for LncRNA-miRNA ...
DeepLncLoc：基于深度学习的lncRNA亚细胞定位预测器
02-16
基于深度学习的lncRNA亚细胞定位预测因子 用法 如何训练模型 您可以通过命令打击以非常简单的方式训练模型： python train.py –k 3 –d 64 –s 64 –f 128 –metrics MaF –device“ cuda：0” k是k-mers功能的值...
BRWLDA：双随机行走可预测lncRNA-疾病关联
03-12
BRWLDA：双随机行走可预测lncRNA-疾病关联
JavaFx+MySql学生管理系统
2301_81253185的博客
07-11 1101
上个月学习了javafx和mysql数据库,于是写了一个学生管理系统,因为上个月在复习并且有一些事情,比较忙,所以没有更新博客了,这个项目页面虽然看着有点简陋了,但是大致内容还是比较简单的,于是现在跟大家分享一下我的学生管理系统,希望对这方面有兴趣的同学提供一些帮助。
set user & password for database 设置数据库 用户和密码
DavidsonGong的博客
07-12 149
USE sbms;
7.10飞书一面面经
东篱君的博客
07-10 1204
B+树的⾮叶⼦节点不存放实际的记录数据，仅存放索引，所以数据量相同的情况下，相⽐存储即存索引⼜存记录的 B 树，B+树的⾮叶⼦节点可以存放更多的索引，因此 B+ 树可以⽐ B 树更「矮胖」，查询底层节点的磁盘 I/O次数会更少。主从复制：单节点Redis的并发能力是有上限的，要进一步提高Redis的并发能力，可以搭建主从集群，实现读写分离。B+ 树有⼤量的冗余节点（所有⾮叶⼦节点都是冗余索引），这些冗余索引让 B+ 树在插⼊、删除的效率都更⾼，⽐如删除根节点的时候，不会像 B 树那样会发⽣复杂的树的变化；
Redis集群和高可用
最新发布
xiaogengtongxu的博客
07-13 408
主从架构无法实现master和slave角色的自动切换，即当master出现redis服务异常、主机断电、磁盘损坏等问题导致master无法使用，而redis主从复制无法实现自动的故障转移(将slave 自动提升为新master)，需要手动修改环境配置,才能切换到slave redis服务器，另外当单台Redis服务器性能无法满足业务写入需求的时候,也无法横向扩展Redis服务的并行写入性能。master和slave角色的无缝切换，让业务无感知从而不影响业务使用。
mysql笔记1
m0_62975692的博客
07-11 375
首先查看systemctl status mysqld，如果是关闭的可以进入的配置文件打开mysql，我的mysql配置文件就是在/usr/local/mysql/support-filess/下，在此目录下执行./mysql.server start,打开mysql服务，也可以通过systmectl start mysqld，如果你嫌麻烦的话可以systemctl enable mysqld 一直打开mysql的服务;重新给字段添加约束的时候不可以添加not null约束的！
Redis数据结构-String篇
时间如瑾 代码如诗
07-12 897
对⼀个内部表示成long型的string执行append, setbit, getrange这些命令，针对的仍然是string的值（即⼗进制表示的字符串），而不是针对内部表⽰的long型进⾏操作。因此，在这些命令的实现中，会把long型先转成字符串再进行相应的操作。String 的内部存储结构⼀般是 sds（Simple Dynamic String，可以动态扩展内存），但是如果⼀个String 类型的 value 的值是数字，那么 Redis 内部会把它转成 long 类型来存储，从⽽减少内存的使用。
LncRNA芯片分析-自己总结.pdf
08-14
3. lncRNA重注释：由于lncRNA的数据库和注释相对不完整，筛选出的差异lncRNA需要进行重注释。这包括在基因组中扩展lncRNA的位置，以寻找附近的编码基因，这些基因可能与lncRNA的生物学功能有关。 4. 靶基因预测：...

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值