在linux中用高斯09优化分子结构,高斯(Gaussian)相关的免费软件 2nd version [2010-09-25].doc...

高斯(Gaussian)相关的免费软件 2nd version [2010-09-25]

献给初学高斯并挣扎的同志们…(经常总结确实能学到很多东西)

Gaussian相关的免费软件(Gaussview除外) 图形分析界面

(本文为免费文档，请勿将此文件强加任何收费限制 !!!! )

(Second edited by 废man 2010-09-25 12:39 )

欢迎大家继续补充，请在上面的括号内加上自己的名字并注明修改日期，并将补充的文字用红色字体标明，谢谢！

除了Gaussian使用的软件外， /software 提到了众多的分子模拟软件，欢迎大家去看看。

Molden http://www.cmbi.ru.nl/molden/ (免费)电子密度

是由荷兰的G. Schaftenaar于1991年开发的从头算Gamess，Gaussian半经验Mopac/Ampac接口的电子密度显示软件，通常运行Unix环境下，indows下需要安装X-WinPro来支持其运行。Molden可以显示分子轨道电子密度等值线图3D格点图等，同时可以输出postscriptXWindows、VRML、Povray、OpenGL、tekronix4014、hpgl和hp2392格式的文件Molden可以读取chemxPDB、mopac/ampac以及其它一些格式的文件。Molden有方便的Z编辑器，可以方便的对构建的分子进行操作。对于高斯而言，与Molden结合使用的时候需要使用IOP(6/7=3)关键字。/~kalju/chem226/public/task2A.html

Molekel http://molekel.cscs.ch/ (免费)

分子模型和电子结构显示的免费工具，支持的分子结构计算程序输出文件格式有：GAUSSIANGAMESS-US、ADF、ZINDO、MOS、HONDO, Jaguar, MOLPRO, HyperChem, Mopac, NWChem和QChem等和NBO等。支持Z-matrix格式Chem3D直角坐标CACAO直角坐标XYZ等多种的文件。Molekel通过读取相关的结果文件，可以制作分子的电子密度图分子轨道图静电势图等，为了显示高斯的结果，通常需要关键字#P GFPRINT, POP=FULL, iop(6/7=3)”。http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/ElectronDensity

http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/GridData

此外，(Molkel)Molekel还支持高斯的NBO结果，具体方法参考紫霞或厦大论坛Elizerbeth老鸟的教程：/boardcon.php?bid=153&id=19255&ftype=1&num=785

用Molekel画轨道图形/html/200907/1449889.html

GaussSum /projects/gausssum/

/ (免费)

支持ADF，GAMESS(US)，GAMESS-UK，Gaussian，和PC-GAMESS的结果，包括UV-Vis/IR/Raman光谱，能级和分子轨道的贡献等，可以显示SCF收敛过程，结构优化过程的能量变化等，提取分子轨道信息，包括原子对分子轨道的贡献，特别的可以绘制态密度和部分态密度谱图，晶体轨道重叠布居(COOP)谱图，可以给出成键或反键信息，也可以显示UV-Vis跃迁的信息，包括原子电荷密度的变化等。

Arguslab, / (免费)

由于静电势，电子密度，拉普拉斯电子密度，分子轨道的显示是大家关心的问题，而高斯手册关于这些内容的计算的说明并不是十分详细，而Arguslab提供了和Gaussian的使用接口，可以直接向高斯提交计算任务，其关于cube的计算设置非常方便，如下图所示，可以进行静电势，电子密度，拉普拉斯电子密度等计算。不熟悉的网友可以编辑好输入文件以后查看生成的gjf文件格式熟悉各种cube文件的制作。

此外，也可以通过Surface下拉菜单的Make Surface选项查看当前得到的cube文件的图形，具体操作方式请参考软件的帮助。

具体使用方法参考软件的说明。由于这一软件支持的基组有限，因此当前的版本还不能够用于有关的重原子的赝势基组的计算。除了Gaussian，这一软件还支持HyperChem的结果。注意，Arguslab只支持*.fch和*.log格式的高斯结果文件，并不支持*.out格式的高斯结果文件。

Gabedit / (免费)

这个软件提供了多种软件的使用接口，包括GAMESS(US), GAUSSIAN, MOLCAS, MOLPRO , MPQC, Open