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MATLAB在生物信息学分析中的应用

MATLAB在生物序列信息分析中的应用

生物技术(生物制药方向09) 杨清松 0909501162

摘要：MATLAB生物信息工具箱为广大用户提供了一个用于基因组和蛋白质组分析的综合环境， 它利用数据库资源， 使科学研究事半功倍， 在工具箱提供的开放环境里， 用户甚至可以按照自己的目的来设计和利用分析工具。本文主要介绍MATLAB生物信息工具箱在基因序列分析中的应用，包括确定核苷酸组成， 密码子组成， 氛基酸转化和组成等， 所有操作简便高效， 结果可视化程度高。

关键词：MATLAB，序列分析，序列比对，ORF，密码子

生物信息学是生物学和信息技术的结合，是现代科学的又一个分支学科，它利用计算机对大量生物数据进行分析处理。生物信息学把用于存储和搜索数据的数据库开发，与用于分析和确定大分子序列、结构、表达模式和生化途径等生物数据集之间的关系的统计工具和算法的开发结合在一起[1]。人类基因组测序工作完成后，我们在后基因组时代面临的一个重要问题，即如何处理越来越多的数据，进而分析基因组序列的意义，研究尚不清楚的结构和功能等。这对生物信息学的工具提出了新的挑战。

在国际学术界， MATLAB已经被公认为准确、可靠的科学计算标准软件。从MATLAB6。5。1首次增加了引人注目的生物信息学工具箱以来， 如今的版本生物信息学工具箱的数据处理能力得到了极大的提升[2]。

目前，MATLAB可以进行序列分析，系统发生分析，芯片数据分析，可视化等，并可以在互联网上获取数据库资料。最新版本的工具箱则强化了质谱分析和统计推论与预测功能，包括基线校正