lammps软件_LAMMPS学习系列（11）

实例一

在用LAMMPS进行分子动力学模拟之前，最重要的一件事就是找到合适的相互作用势，那么如何判断所得到的经验势是否合适呢？今天就结合一个简单的实例介绍一下如何去判断：

1. 直观判断：做个简单的动态弛豫模拟，看看体系是否稳定，结构是否变混乱，具体弛豫模拟可见我之前的推文：LAMMPS学习系列（1）；
2. 能量判断（推荐）：计算相关的缺陷（空位，间隙子。。）形成能，层错能，迁移能等能量值或者弹性常数等力学值，然后与DFT计算结果进行对比；

（聚变研究领域）W-He体系经典相互作用势

一般来说，判断一个经验势好不好的标准就是它的计算值与DFT的计算值的吻合程度是否很高，但是DFT可以计算的能量值有很多，经验势往往可能只能与其中一部分值吻合的比较好，所以这也是在一定程度上限制了经验势的使用范围。例如上述文章，只显示了缺陷形成能以及迁移能这部分能量与DFT计算值吻合的很好，但是并没有提及到弹性常数之类的力学值，所以这个W-He经验势一般只用来做缺陷演化之类的模拟，很少应用于力学性能变化的研究，当然，没提及并不代表它在这方面吻合的不好，只是做之前需要自行验证。

接下来先介绍一个BCC结构W的空位形成能的计算，其计算流程如下：

1. 创建个文件夹，其下有LAMMPS的输入文件in文件

2. in文件中的内容

LAMMPS软件中这种利用minimize命令计算得到能量的方法也叫分子静力学，in文件中涉及到的所有命令以及常用用法之前均已介绍过，忘记的可以再看一下我之前的推文或者直接看看手册~

3. 运行

在终端下输入lmp_mpi < in.Ef_vacancy, 由于体系很小，这里直接运行了，没交后台也没并行，实际任务运行脚本和方式根据服务器的具体情况而定，统一的并行运行命令为：

mpirun -n 核数 lammps可执行文件 < in文件

4. 查看输出文件

运行得到log.lammps日志文件以及vacancy.xyz的原子轨迹文件（这个轨迹文件意义不大，没事的话也可以按照之前推文介绍的方式导入OVITO看看优化过程原子的位置调整过程），log.lammps日志文件（LAMMPS默认输出）则是详细记录执行in文件中命令的情况（只要不报错不中断，那么其中大部分warning都是可以忽略的）：

模型构建情况（盒子大小，总原子数目）

第一次优化得到的E_prefect能量值

删除原子后的总原子数

第二次优化得到的E_defect能量值

5. 公式计算空位形成能

公式：Ev= E_defect – (N-1/N)E_prefect

其中N为总粒子数；

Eprefect为优化后完整晶胞的总能量；

Edefect为优化后含有空位晶胞的总能量。

最后可以得到BCC结构的W中空位形成能为3.58eV.

今天就先介绍到这里~

欢迎各位关注~

若本文有何不对以及不足之处，希望各位留言批评指正~