![1ff15bdd8ba64b96e560b3a379d478c0.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/160817da30f74bcbab70640a1d2a3081.png)
实例一
在用LAMMPS进行分子动力学模拟之前,最重要的一件事就是找到合适的相互作用势,那么如何判断所得到的经验势是否合适呢?今天就结合一个简单的实例介绍一下如何去判断:
- 直观判断:做个简单的动态弛豫模拟,看看体系是否稳定,结构是否变混乱,具体弛豫模拟可见我之前的推文:LAMMPS学习系列(1);
- 能量判断(推荐):计算相关的缺陷(空位,间隙子。。)形成能,层错能,迁移能等能量值或者弹性常数等力学值,然后与DFT计算结果进行对比;
![9dcfc7e19b1250cfdb22802b44fb8dc7.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/08dda4918452dcc885084942ec2e42e0.jpeg)
![0f6831ec550ad2f388a62f4ad3f222ff.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/2554a0218b8730ff031fd3e873a6c738.jpeg)
一般来说,判断一个经验势好不好的标准就是它的计算值与DFT的计算值的吻合程度是否很高,但是DFT可以计算的能量值有很多,经验势往往可能只能与其中一部分值吻合的比较好,所以这也是在一定程度上限制了经验势的使用范围。例如上述文章,只显示了缺陷形成能以及迁移能这部分能量与DFT计算值吻合的很好,但是并没有提及到弹性常数之类的力学值,所以这个W-He经验势一般只用来做缺陷演化之类的模拟,很少应用于力学性能变化的研究,当然,没提及并不代表它在这方面吻合的不好,只是做之前需要自行验证。
接下来先介绍一个BCC结构W的空位形成能的计算,其计算流程如下:
1. 创建个文件夹,其下有LAMMPS的输入文件in文件
![9da4384963cccd8f3d6c802b23134ea1.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/4eb80fa9d0710b1eb9f21ee0bc149279.png)
2. in文件中的内容
![6ddbd80607094f73cd0468b913cec2c6.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/cce9d6c7248be4e71218aef32a4fa7a9.jpeg)
LAMMPS软件中这种利用minimize命令计算得到能量的方法也叫分子静力学,in文件中涉及到的所有命令以及常用用法之前均已介绍过,忘记的可以再看一下我之前的推文或者直接看看手册~
3. 运行
在终端下输入lmp_mpi < in.Ef_vacancy, 由于体系很小,这里直接运行了,没交后台也没并行,实际任务运行脚本和方式根据服务器的具体情况而定,统一的并行运行命令为:
mpirun -n 核数 lammps可执行文件 < in文件
4. 查看输出文件
![8aa5db34965fe7111f6d62fb21e16404.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/ab2ec0ddb2584322b4593598844737ca.jpeg)
运行得到log.lammps日志文件以及vacancy.xyz的原子轨迹文件(这个轨迹文件意义不大,没事的话也可以按照之前推文介绍的方式导入OVITO看看优化过程原子的位置调整过程),log.lammps日志文件(LAMMPS默认输出)则是详细记录执行in文件中命令的情况(只要不报错不中断,那么其中大部分warning都是可以忽略的):
![7f6771629fb6da4e3abbe35527cca91a.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/0e6548019d0d3910a535db47a5448814.jpeg)
![c5a708330a6bab5a93842a4d72cf0d55.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/12e522470fcc810a9fd08bd2df6b2c11.jpeg)
![15eb626f832051e1e6cae79e8bd59d54.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/ef4df5889b8decb9c68aae95920fda8e.png)
![aecb03e4ff3962ef25708e036321a9ff.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/24880f4ab86c4a53038d69c6cba2f359.jpeg)
5. 公式计算空位形成能
公式:Ev= E_defect – (N-1/N)E_prefect
其中N为总粒子数;
Eprefect为优化后完整晶胞的总能量;
Edefect为优化后含有空位晶胞的总能量。
最后可以得到BCC结构的W中空位形成能为3.58eV.
今天就先介绍到这里~
欢迎各位关注~
若本文有何不对以及不足之处,希望各位留言批评指正~