lammps案例：SiC结合能的模拟

最新推荐文章于 2024-12-31 02:17:46 发布
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分类专栏： lammps模拟案例 文章标签： 分子动力学模拟 分子动力学 lammps lammps培训 ovito
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/lammps_jiayou/article/details/129138005
版权
小马老师分享了使用lammps进行分子动力学模拟计算SiC晶体结合能的案例，通过模拟获得了SiC的结合能约为6.16ev，并指出该方法适用于其他材料的结合能计算。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

大家好，我是小马老师。

本文介绍lammps模拟结合能的案例代码。

分散的原子之所以能构成稳定的晶体，是因为原子之间存在一种将原子或分子结合在一起的力。

原子在结合成稳定晶体的过程中，所释放出来的能量，称为晶体的结合能(binding energy)，也称为内聚能（cohesive energy）。

纯金属的内聚能可参考：
Fe内聚能的模拟代码

多种原子构成的晶体可以按照同样的原理计算出结合能。
在这里插入图片描述

以sic为例，对应的in文件为：


                

                
                
        

        

    

  


        

            

                

                

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lammps案例：圆锥形SiC纳米磨削单晶硅

				
			

			

				

					lammps_jiayou的博客
				

				

					03-16
					
					2818
					
				

			

		

		

			
				
在以Cu纳米磨削一文中详细介绍了如何使用lammps命令建立纳米磨削模型，当时并没有给出磨削代码。

本文以圆锥形SiC磨粒磨削单晶Si为例，介绍纳米磨削模拟过程以及力的输出。



模拟流程：

（1）建模：单晶硅分为三个区域：边界区、恒温区、牛顿区。磨粒为圆锥形，材料为SiC。

（2）模拟初始化，固定边界原子，设置磨粒原子为刚性原子。

（3）能量最小化，对系统进行弛豫，使体系能量达到最低。

（4）设置恒温区温度为300K。

（5）设置系综，设置磨粒移动方向和速度

（6）输出轨迹文件、输出三个方

			
		

	



                

            
              



	

		

			

				
					
lammps案例：Cu间隙原子形成能的模拟与计算方法

				
			

			

				

					lammps_jiayou的博客
				

				

					07-10
					
					3811
					
				

			

		

		

			
				
大家好，我是小马老师。
本文给大家介绍一个计算间隙原子形成能的lammps模拟案例。

间隙原子形成能计算公式为：

以Cu为例，间隙原子形成能模拟过程为：
（1）生成含有N个原子的Cu，进行能量最小化后，计算能量E0。
（2）在非晶格点位置随机插入一个C原子。
（3）能量最小化，计算能量Ef。
（4）带入公式计算间隙原子形成能Ei。

下面是具体in文件代码，代码来源于网络，我进行了修改和简化，对原作者表示感谢。
代码已经注释，仅供参考。
#模型基本设置
units   metal
dimension  

			
		

	



              


  
              

                


	

		

			

				
					
lattice constant and binding energy_lammps_python_pythonbinding_

				
			

			

				

					09-29
				

			

		

		

			
				
描述了如何在lammps中如何计算平衡晶格常数和结合能，使用了Pylammps接口的python脚本。

			
		

	





	

		

			

				
					
lammps案例：聚乙烯和石墨烯界面pull out模拟

				
			

			

				

					lammps_jiayou的博客
				

				

					08-11
					
					3046
					
				

			

		

		

			
				
大家好，我是小马老师。
本文介绍lammps模拟计算界面结合力的一个案例。
本案例参考论文《The interfacial mechanical properties of functionalized graphene- polymer nanocomposites》，对论文作者表示感谢。
模型共分2层，上层为聚乙烯模型，下次为单层石墨烯，模拟过程共分3部分：建模、弛豫、拉伸。
（1）建模
使用MS建立聚乙烯和石墨烯模型，具体方法可参考之前的推文，使用build layer方法建立聚乙烯和石墨烯组合模型，

			
		

	



		

			
		



	

		

			

				
					
求用lammps直接建模4H-SiC（lattice直接create_atoms ）

				
			

			

				

					JINLIANGLIANG99的博客
				

				

					06-04
					
					484
					
				

			

		

		

			
				
求大佬分享下，用lammps程序直接create_atoms  建立4H-SiC的代码。

			
		

	





	

		

			

				
					
lammps案例：金属液滴润湿模拟案例

				
			

			

				

					lammps_jiayou的博客
				

				

					05-02
					
					3320
					
				

			

		

		

			
				
大家好，我是小马老师。
本文分析lammps模拟金属液滴润湿的案例代码。
在之前的推文中，介绍过铜界面润湿水的案例，最近一段时间，不少粉丝朋友咨询金属液滴的润湿，润湿原理差不多，本文以Cu液滴在SiC基底上的润湿为例，介绍金属液滴润湿案例模拟方法。
以此案例为基础，可以模拟其它金属液滴的润湿，替换模型和力场参数即可。

1.建模
SiC的建模方法有很多，可以下载sic.cif文件，导入ms或atomsk中进行正交化和扩胞，转成data文件即可。Cu液滴可以在SiC建模时同时建立，也可以在in文件中导入SiC

			
		

	





	

		

			

				
					
lammps案例：石墨烯热导率模拟计算（EMD方法)

				
			

			

				

					lammps_jiayou的博客
				

				

					06-29
					
					7084
					
				

			

		

		

			
				
大家好，我是小马老师。
在前面的文章中，介绍了非平衡态下石墨烯的热导率模拟方法，本文介绍第二种热导率模拟方法：使用平衡态分子动力学（EMD）计算热导率。
本文仍然以石墨烯热导率计算为例，以供大家对比参考。
在平衡态下计算热导率，主要计算公式为Green-Kubo。
用到的主要命令为compute heat/flux。
用法为：
compute myFlux all heat/flux myKE myPE myStress
其中，myKE为原子动能，myPE为原子势能，myStress为原子应力。
在使用co

			
		

	





	

		

			

				
					
lammps 案例：C原子在Si基底沉积过程模拟案例学习

				
			

			

				

					lammps_jiayou的博客
				

				

					03-12
					
					3913
					
				

			

		

		

			
				
推荐一个C原子在Si表面的沉积模拟过程。
基底为Si，C原子以一定的速度沉积到Si表面。
lammps in文件代码由Stefan Bringuier编写，本文对代码进行了解析，仅供初学者参考。

in文件代码如下：
#模型基本设置，3维模型，metal单位
dimension 3
units		metal                       # Energy: eV Distance: Angstrom Mass: Kg Times: picosecond
atom_style	atomic   

			
		

	





	

		

			

				
					
LAMMPS是如何进行计算的

				
			

			

				

					Rockyoung
				

				

					08-20
					
					2190
					
				

			

		

		

			
				

			
		

	





	

		

			

				
					
LAMMPS石墨烯建模

				
			

			

				

					ZSC001127的博客
				

				

					04-24
					
					3898
					
				

			

		

		

			
				
LAMMPS石墨烯建模

			
		

	





	

		

			

				
					
分子动力学基础教程lammps

				
			

			

				

					10-28
				

			

		

		

			
				
lammps分子动力学基础

			
		

	





	

		

			

				
					
LAMMPS计算晶体结构的XRD衍射

				
			

			

				

					12-28
				

			

		

		

			
				
利用分子动力学模拟晶体结构的XRD衍射图谱，可以模拟在不同环境下进行结构预测。

			
		

	





	

		

			

				
					
lammps建模_LAMMPS命令建模示例（1）

				
			

			

				

					weixin_28952093的博客
				

				

					01-05
					
					965
					
				

			

		

		

			
				
构建SiC - 3C模型### Created by Eric N. Hahn  ###### ericnhahn@gmail.com ###units           metalatom_style      atomiclattice custom 4.36 &a1 1.0 0.0 0.0 &a2 0.0 1.0 0.0 &a3 0.0 0.0 1.0 &...

			
		

	





	

		

			

				
					
lammps模拟中的常用计算命令

					
热门推荐

				
			

			

				

					qq_44963682的博客
				

				

					10-15
					
					1万+
					
				

			

		

		

			
				
本文介绍了lammps模拟中常用的计算命令，希望能够帮助初学者更好的学习lammps，如果有错误，欢迎各位批评指正。

			
		

	





	

		

			

				
					
lammps软件_LAMMPS学习系列（11）

				
			

			

				

					weixin_39612540的博客
				

				

					12-03
					
					1844
					
				

			

		

		

			
				
实例一    在用LAMMPS进行分子动力学模拟之前，最重要的一件事就是找到合适的相互作用势，那么如何判断所得到的经验势是否合适呢？今天就结合一个简单的实例介绍一下如何去判断：直观判断：做个简单的动态弛豫模拟，看看体系是否稳定，结构是否变混乱，具体弛豫模拟可见我之前的推文：LAMMPS学习系列（1）；能量判断（推荐）：计算相关的缺陷（空位，间隙子。。）形成能，层错能，迁移能等能量值或者弹性常数等力...

			
		

	





	

		

			

				
					
lammps计算力学性质

					
最新发布

				
			

			

				

					qq_44963682的博客
				

				

					12-31
					
					1377
					
				

			

		

		

			
				
本文介绍了LAMMPS在力学性质计算中的应用，包括平衡晶格常数、体积模量的计算，以及材料在拉伸和压缩过程中的模拟。

			
		

	





	

		

			

				
					
LAMMPS模拟碳化硅切削过程（圆锥形刀具）

				
			

			

				

					2301_76842518的博客
				

				

					07-04
					
					1235
					
				

			

		

		

			
				
该程序仅供参考。

			
		

	





	

		

			

				
					
lammps模拟过程中的简单建模方法及举例

				
			

			

				

					qq_44963682的博客
				

				

					09-25
					
					1万+
					
				

			

		

		

			
				
在分子模拟过程中，建立合适的模型是模拟进行的首要前提。但在lammps中只能建立简单的模型，当遇到复杂的模型时，则需要通过atomsk等专业软件进行辅助。本文介绍了在lammps中的简单模型建立，希望能够帮助初学者加深对模型建立的了解。

			
		

	





	

		

			

				
					
lammps计算聚合物例子_有了它，实验人员入门计算超容易！材料设计与性质预测平台（MedeA）...

				
			

			

				

					weixin_27964579的博客
				

				

					12-30
					
					1342
					
				

			

		

		

			
				
MedeA是全功能材料设计与性质预测平台，对材料及相关领域问题提供快速且可靠的解答，其应用领域非常之广，如电力发电、汽车、储能、合金设计、微电子及石油化工、航天航空、电池等行业。在MedeA平台中，能够创建各种材料模型、提供多种材料计算模拟方法、直接预测材料多种理化性质、对计算结果可视化分析，利用Flowchart功能简化整个工作流程。友好的软件界面及清晰的软件架构为建模、计算、分析、决策全过程提...

			
		

	





	

		

			

				
					
请写一段计算4H-SiC结合能的lammps代码，要求无需导入任何文件，可直接运行

				
			

			

				

					11-23
				

			

		

		

			
				
在LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 中，计算材料的结合能通常涉及到势函数的选择和能量计算。对于4H-SiC这种化合物半导体，一种常见的模型可能是共价键模型，如Tersoff潜在能。以下是一个简单的示例代码片段，假设你正在使用LAMMPS的内置势能函数库，且4H-SiC已设置好结构：

```lmpscript
# 设置单位系统为eV
units eV

# 开启Pair_style用于计算势能
pair_style tersoff Si C  # 使用Tersoff势，这里假设有预设的Si-C参数

# 初始化原子坐标，例如立方晶胞
read_data your_structure_file  # 替换为你的4H-SiC晶体结构数据文件

# 结构优化，获取最小化后的能量
reset_timestep 0
min_style cg  # 使用Conjugate Gradient法
minimize 1.0e-6 1.0e-8 1000  # 目标达到1e-6 eV/Angstrom的收敛精度

# 获取并打印最终的总结合能
variable etotal equal "energy"  # 存储总能量
print "The total cohesive energy of 4H-SiC is: $etotal eV"

```

请注意，这个例子需要你已经有一个包含4H-SiC结构的输入文件（`your_structure_file`），并且LAMMPS的Tersoff势对4H-SiC进行了适当的参数化。实际使用时，请确认这些条件是否满足，并根据需要调整优化步骤和其他细节。

			
		

	



              




          




        



    





    



      

      

        
      

      





	

		
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成就一亿技术人!

          

          

        

        

          

          

            领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝
            规则
          

        

      

      

        

          

            
              
            
            

              
hope_wisdom
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