R语言绘制气泡矩阵图

R语言绘制气泡矩阵图

示例图

之前在一些文章中看到过气泡矩阵的表达方法，该图形表达的意思就是不同样本中不同物种的丰度分布情况，气泡越大则是代表物种的相对丰度（或者说16S得到的绝对丰度）越大，在这个例图中则是表达了四个样本中三类不同的菌的分布情况。

实操

整个过程都是通过R代码复现，因为没有原数据所以这里使用的是示例数据，后期得到的图形还需要经过AI修改这里就不详细阐述了，水平有限勿喷。

示例数据格式：

代码：

setwd("C:/Users/机械师/desktop")#设置工作路径
data<-read.csv('xijun.csv',header = T)#读入示例数据
library(reshape2)#载入包
library(ggplot2)#载入包
data_melt<-melt(data,id.vars = "species")#把data中按照“species”的宽数据变成长数据
names(data_melt)=c("species","sample","value")#重命名数据列名
ggplot(data_melt,aes(x=sample,y=species,size=value,color=sample))+geom_point()+
  theme(panel.background = element_blank(),
        panel.grid = element_line("gray"),
        panel.border = element_rect(colour = "black",fill=NA))#ggplot2绘图，有点粗糙，见谅

结果：

调整：

导出pdf之后用AI修整即可

存留的问题：

该图形的一个问题是丰度为零的数据也显示了气泡大小，这个我琢磨了好一会没解决掉，各位有好的方法欢迎评论区指出。淦饭去了，么么哒