聚类热图分类注释_多变的热图

今天我们来学习热图的制作

导入数据

library(pheatmap)
TEST=read.csv("TEST.csv",sep = ',',header = T,row.names=1)

绘制默认热图

pheatmap(TEST)

归一化

我们的示例数据基因差异很明显，而且没有离群值，当有一个极大值的时候，就不会有这样的效果，比如

TEST1=TEST
TEST1[1,20]<-1000
pheatmap(TEST1)

这样完全看不出差异了，所以这个时候需要对数据进行标准化

#scale = "row"参数对行进行归一化
#clustering_method参数设定不同聚类方法，默认为"complete",可以设定为
#'ward', 'ward.D', 'ward.D2', 'single', 'complete', 'average', 'mcquitty', 'median' or 'centroid'
pheatmap(TEST1,scale = "row")#按照行进行均一化

这样就可以看清基因表达之间的差异了

聚类

pheatmap(TEST1,scale = "row",clustering_distance_row