mysql的cell_Cell-Cell Interaction Database|| 单细胞配受体库你还在文章的附录里找吗?...

Cell-Cell Interaction Database :

Cell-Cell Interaction Database 描述了通过过滤已有的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)数据,细胞-细胞相互作用数据库的自动构建。细胞间的相互作用对理解组织结构很重要。我们和其他人建立了细胞-细胞相互作用数据库(1,2,3,4,5)。这个网站提供的资源代表了一套自动构建的蛋白质-蛋白质相互作用,它可以介导细胞-细胞间的通讯,与我们之前建立的数据库相比,这个数据库得到了扩展。

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受体来源:

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配体来源:

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GO编号背会了吗?

人工校正:

既不是受体也不是配体的基因被移除

分类错误的基因被移到正确的列表中(即在配体列表中找到受体,反之亦然)

最后:

受体- 1851个基因

配体- 1593个基因

ECM - 433基因

点击下载吧:

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cellphonedb

CellPhoneDB是一个可公开获取的组织受体、配体及其相互作用的知识库。配体和受体都包括亚基结构,准确地代表异构体复合物。这是至关重要的,因为细胞和细胞之间的通信依赖于多亚基蛋白复合物,而这些蛋白复合物超出了大多数数据库和研究中使用的表示。

CellPhoneDB集成了现有数据集和新的人工审查信息。CellPhoneDB使用来自以下数据库的信息:UniProt, Ensembl, PDB, IMEx联盟,IUPHAR。

CellPhoneDB可以用来搜索一个特定的配体/受体或查询你自己的单细胞转录组数据。

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cellchat:

http://www.cellchat.org/index_inner.html

CellChat Explorer包含两个主要组件:

(a)配体-受体相互作用浏览器,使我们的配体-受体相互作用数据库的容易探索

(b)细胞-细胞通讯Atlas Explorer允许简单的探索和信息沟通对于任何给定scRNA-seq数据集

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我们发现其实受配体是某种通路的关键基因,于是我们可以:

GO:

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落脚在pathway上,开心了吗?

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