tcga压缩包提取合并_TCGA数据库下载后文件合并与转换

1、从TCGA上下载癌症相关数据到rawdata，下载一般用TCGA_gdc-client。以原始的Seq-count为例。

gdc-client download -m gdc_manifest_20200923_032916.txt -d path/to/gz_file

2、加入cart之后下载manifest.json文件。(PS：这个文件真的无比讨厌，处理起来很费经)

3、将数据解压缩之后生成看起来像乱码的文件夹。此时利用perl脚本将这每个文件夹中的文件放入另外一个file文件夹当中，然后将文件名改成data_in_one便于识别。

###将所有压缩文件移到一个名为files的文件里面

###用法为cmd perl 1.move_gzFileToFiles.pl

use strict;

use warnings;

use File::Copy;

my $newDir="files";

unless(-d $newDir)

{

mkdir $newDir or die $!;

}

my @allFiles=glob("*");

foreach my $subDir(@allFiles)

{

if((-d $subDir) && ($subDir ne $newDir))

{

opendir(SUB,"./$subDir") or die $!;

while(my $file=readdir(SUB))

{

if($file=~/\.gz$/)

{