conda不是内部文件或外部命令_Fastqc文件数据质量质检

前言：

从NCBI上下载的sra格式的测序文件经过Sratoolkit软件转换后变成fastqc格式的文件，我们如何能知道下载的这个数据是否准确并值得信赖，这时候我们通过conda安装一个fastqc文件的质控软件来可视化的展示转化后的数据结果。至于为什么利用conda来安装而不是直接安装在服务器上，是因为conda能帮助我们解决一些软件过程中需要的依赖，而且避免因为一些软件需要特殊的环境(有的需要python3环境，有的需要python2等等)从而会导致软件无法正常运行，我们下面先来安装conda，再来安装质检软件，顺利安装conda结束后，质控软件只需要一行命令就可以解决了！那么我们下面正式开始

Conda的安装与使用：

安装环境：

Centos Linux release 7.8.2003 (Core)

Conda 4.8.5

conda和miniconda本质上是一个东西，miniconda是conda的精简版，需要什么就装什么，不需要的就不装，所以我个人使用的是miniconda。

miniconda官方网站：

https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

其他系统的可以自行下载选择自己的安装包：

进入到指定的软件安装目录：

因为miniconda本质上并不属于生信软件，所以我没有把他装在之前的生信软件目录(/home/biological/biosoftware)下(这也是一个很好的习惯，大家也可以借鉴这种有点强迫症的思想，这样可以很清楚的管理自己服务器下的文件)，而是放在了根目录下：

cd ~

下载安装包

wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

 下载完成以后，给下载的文件赋予权限：

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

然后运行：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

程序运行时，最简单的方式是一路“yes”下来，但是conda安装中，当你的服务器之前有安装过软件的话，conda可能会污染你原来的环境，所以在安装conda中，最好不要将其加入到环境变量里，碰到下面的选项时，注意要选择 “no”

因为我们没有选择将conda加入环境变量中，所以输入conda是会报找不到此命令的，而且也不能通过conda --version来验证是否正确安装，那么我们要如何启动conda呢？

因为我们软件安装在根目录(~)中，所以我们进入到安装目录里：

cd /root/miniconda3/

再进入到bin/目录下找到一个名为activate的文件

我们首先给activate这个文件，修改权限，不然不能正常使用

chmod 777 activate

conda启动：

利用

. ./activate

的命令，启动conda

这时候，我们可以看到命令行前面，出现了(base),这就代表我们已经进入了conda的环境，这时候利用conda --version就能看到安装的conda 版本号

这时候conda就已经正确安装完成了

添加频道：

conda config --add channels biocondaconda config --add channels conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

利用conda安装fastqc:

安装fastqc：

conda install fastqc

查看是否正确安装及安装的fastqc软件版本号：

我们可以利用fastqc -h查看官方的技术文档：

这里只简单列出几个常用的参数：

-o：FastQC生成的报告文件的储存路径 (./ 代表的是当前目录)

-t：需要用到的线程数(越多速度越快，但是要按照自己机器的配置来选)

进入到需要处理的数据所在目录：

/home/biological/biodata/test/RNAseq_out

运行软件：

fastqc -o ./ -t 8 SRR12062121_1.fastq.gz SRR12062121_2.fastq.gz

进入到输出目录，查看运行结果:

tree(如果提示没有tree命令，则可以用yum install tree来下载这个查看目录文件的小工具，这个工具和fastqc软件无关，你可以用在任何一个目录下，只是为了方便管理目录文件的小工具)

能看到每一个数据都得到了一个.html网页文件与一个压缩包文件。

这时候我们就可以打开.html文件，查看分析结果了：

这里只对基本信息图表所代表的生物学意义用图示的方法讲解，其他的详细图表可自行查找相关资料进行学习，在这里因为篇幅关系就不再一一展开讲解了。

后面我们不需要fastqc这个软件，所以我们可以退出当前所在的conda环境。

conda关闭：

conda deactivate