python ks值计算_Kaks_calculator计算ka/ks 值

kaks_calculator可用来计算ka，ks值，后续可计算分化时间点等。

安装

安装ParaAT

在安装kaks_calculator 之前安装比对软件paraAT，该软件是由中科院基因组所张章课题组开发，它整合了计算ka/ks所需的一整套分析的，包括：

蛋白序列比对(可选clustalw2 | t_coffee | mat | muscle)

根据蛋白比对结果回译成codon对应的核酸比对结果

计算kaks值

点击进行下载ParaAT

tar -xf ParaAT2.0.tar

就是运行的脚本

安装Kaks_calculator

点击进行下载

减压后，给权限即可

cd KaKs_Calculator2.0/bin/Linux

chmod 744 KaKs_Calculator

简单流程

推介使用muscle，比对速度快，效果好

准备输入文件：

test.homologs： 同源基因对儿

test.cds： 同源基因对儿的cds序列

test.pep：同源基因对儿的pep序列

proc：线程数

以上文件均可在ParaAT文件夹中找到，可做参考

运行脚本

ParaAT.pl -h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc -m muscle -f axt -g -k -o result_dir

-h, 同源基因名称文件