LAMMPS分子动力学模拟技术与应用 第一性原理计算方法及应用

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关于举办“分子动力学模拟及第一性原理计算方法与应用”系列培训班的通知

各有关单位:
分子动力学模拟、第一性原理计算被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学、电子学等领域。由于传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，能有效提高科研效率；分子动力学模拟、第一性原理计算能在很大程度上进行预测指导实验，在各领域的研究中发挥越来越重要的作用，相关的理论与计算方法也日益丰富，成为21世纪材生命科学、化学工程、料科学、物理科学及医药研究中的重要战略前沿和主要突破口, 目前高校开设的有关计算生物、计算物理、计算化学类课程主要侧重基础理论，对有关理论、方法的程序实现讨论较少，相关理论、方法的文献也较为分散。应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究院特举办“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”及“第一性原理计算方法及应用”培训班，本次培训由互动派（北京）教育科技有限公司具体承办，通过本次培训，能够了解LAMMPS、GROMACS、VASP是什么？能干什么？怎么用？以及如何从简单的例子开始学起，做出能够发表的结果，具体相关事宜通知如下：
一、时间地点：（时间安排：第一天报到、授课四天）
GROMACS培训班 2019年10月24日——10月28日 北京
LAMMPS培训班 2019年10月31日——11月04日 北京
VASP培训班 2019年11月7日——11月11日 北京
二、报名费用：
此次培训为三个课程，每班每人￥4300元（含报名费、培训费、资料费），食宿费用自理。
名额有限，如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函；
三、培训特色：
1、小班授课，培训教室配备有服务器、投影；
2、对知识进行系统讲解，由浅入深，配合案例解析边讲边练，让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作；授课老师和助教现场解决学员提出的各种专业问题，针对性的分析学员需求并提供指导，从而更好地满足学员不同方面的科研需求；
3、课堂上建立专属班级交流平台，学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题，巩固学习内容。参加一次培训，后期可以免费再参加一次。

北京软研国际信息技术研究院 互动派（北京）教育科技有限公司
二零一九年九月十七日 二零一九年九月十七日
四、联系方式：
报名电话：17600080148 联 系 人: 曲浩宇
报名邮箱：1478533041@qq.com 报名QQ: 1478533041
官方网址：www.hdpaii.com 微信：17600080148

“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”培训班大纲
课 程 内 容
第一天 上午
LAMMPS基础 1 分子动力学模拟入门理论——掌握lammps的in文件中各命令的意义
1.1系综理论
1.2主要算法介绍
1.3积分步长的选取
1.4温度和压力控制
1.5周期性边界条件
1.6分子动力学模拟流程
第一天下午
LAMMPSS入门学习 2 LAMMPS入门操作基础
Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令
2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装
2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件。认识makefile文件。
2.4 LAMMPS的in文件结构格式及常用命令讲解、data文件格式。
2.5 LAMMPS实例讲解。
实例操作：编译安装自己的LAMMPS可执行程序。
第二天 上午
LAMMPS进阶学习 3. LAMMPS各种参数计算
3.1 in文件基本语法
3.2 颗粒模拟
3.3 可视化快照
3.4 弹性常数模拟
3.5 计算热导率
3.6 计算粘度
3.7 计算均方位移
3.8 计算径向分布函数
3.9 计算扩散系数
3.10 计算能量数据
3.11 Lammps常见错误解决途径
实例操作：学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子
第二天 下午
Lammps的建模1 4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程
4.1 lattice命令语法学习及建模实操
4.2 packmol 建模语法学习及建模实操
实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件
第三天 上午
Lammps的建模2 4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程
4.3 Material Studio建模学习及实操
4.4 VMD建模学习及实操
实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件
第三天 下午
从examples的简单例子，到完成自己的科研课题 5 通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义
5.1 运行examples\flow 两个例子并做可视化处理
 练习与思考：
5.1-1 把二维couette流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布
5.1-2 把二维poiseuille流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布
5.1-3 建立三维管道内的poiseuille流动
5.1-4 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟
5.1-5 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响
5.1-6 模拟体系中水更改为KCl溶液
5.2 运行examples\shear 到石墨烯力学性质模拟
5.3 运行examples\friction 到金属/合金的摩擦模拟
第四天 上午
夹层结构(graphene/C60/graphene)摩擦性质模拟
（AIREBO力场） 6 夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度条件下的摩擦性能研究
6-1 建立夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度的初始模型
6-2 夹层结构的应力-应变曲线性能研究
6-3 夹层结构摩擦性质研究

第四天 下午
环氧树脂在二氧化硅表面吸附模拟(CVFF力场) 7 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响
7.1 建立模拟体系的初始模型
7.2运行能量最小化及体系的预松弛
7.3压缩盒子达到指定的密度（针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据）
7.4模拟步骤：包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。
7.5查看动态轨迹和特殊帧的图片显示(采用VMD软件做出漂亮的图片和视频，学会用tcl脚本控制输出)
7.6.数据分析（origin软件的使用）
7.6.1 MSD分析
7.6.2 计算RDF
7.6.3 计算密度分布

“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”培训班大纲
课 程 内 容
第一天上午GROMACS基础 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有余
1.1基本假设
1.2主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法
1.3积分步长的选取
1.4温度和压力控制
1.5周期性边界条件
1.6分子动力学模拟流程
第一天下午GROMACS入门操作 2 GROMACS入门操作基础
2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令
2.2 GROMACS的win版linux版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件
2.3 GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍
2.4 GROMACS力场介绍——深度探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备
OPLS为例，力场的各种参数说明
3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础
3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模软件的使用
3.2 建立各种体系模型
混合模型、界面模型、球体模型等
3.3 小分子各种力场TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB
itp, top的结构以及参数说明
3.4 建立均相、多相体系
3.5 如何修改力场参数
第二天上午GROMACS建模
计算 4 GROMACS计算实例——熟练掌握GROMACS计算一整套流程
4.1 纯相、多相混合体系模拟计算
冰、水、甲烷等、超临界二氧化碳等
乙醇等极性溶剂
石油化工领域等、聚合物分子等
4.2 界面模拟计算
气液界面、固液界面、油水界面
表面活性剂的界面模拟
4.3 物理场下的模拟计算
静电场、微波场、高斯脉冲场
4.4 石墨烯、纳米管的模拟
5 使用AmberTools建立分子GAFF力场（力场的精确构建方法）
第二天下午GROMACS初级
数据分析 6 GROMACS数据分析
6.1 GROMACS初级分析工具运用
径向分布函数（RDF）/ 离子配位数 / 扩散系数 / 介电常数
6.2 各种能量性质计算
各个方向密度、压力、表面张力、势能
6.3 氢键相关性质计算
平均氢键个数 / 平均氢键寿命 / 氢键自相关函数
6.4 结构分布、四面体参数
6.5 计算键角和二面角的分布
用make_ndx建立索引
6.6 计算二维的平面或轴径向密度
6.7 空间分布函数的绘制
第三天上午
复杂体系建模分析 7 蛋白体系、生物大分子建模仿真
8 复杂体系建模仿真：蛋白配体复合物
9 伞形采样——计算结合自由能
10 使用g_MMPBSA计算结合自由能
10.1 编译安装APBS、g_mmpbsa
10.2 通过g_mmpbsa计算分子间结合自由能
11表面活性剂构建和模拟
12生物膜构建和模拟
13 固/晶体建模仿真
第三天下午
数据分析 14 GROMACS高级分析工具运用
RMSD分析 / 抽取性质数据/ 计算回转半径 / 计算平均结构等
轨迹的处理: trajconv、g_traj (重点，为以后写代码分析提供支持)
15 分析轨迹代码编写
bash脚本/ python脚本
第四天
专题讲解
专题一：非标准残基力场构建
rtp文件构建方法/掌握atp文件书写方法/非标准氨基酸top文件构建
专题二：高分子聚合物的TOP文件构建
构建高分子聚合物结构/高分子单元rtp文件构建
专题三：粗粒化模型建立
由于计算量限制，学术界提出了粗粒化方法，本专题讲解大到蛋白、高分子聚合物、磷脂膜，小到有机分子的粗粒化模型的建立使用大量python代码，可供学员参考学习

附件三：
“第一性原理计算方法及应用”专题培训班课程内容
一、VASP基本原理及计算准备（基础篇） 课程1 VASP原理及Linux入门基本介绍
1.1密度泛函理论和VASP基本原理简介
1.2 Xshell远程登陆服务器的操作技术
1.3 Linux下常用命令(包含bash编程基础)
1.4 Linux下常用编译器安装方法
课程2 Linux常用命令与VASP输入出输出文件介绍
2.1 Linux常用命令(文本查找，批量提交任务，grep/sed/awk等)
2.2 VASP输入输出文件介绍(INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTCAR，OUTCAR等)
2.3与VASP相关搭配常用辅助软件介绍
课程3 VASP编译安装及结构建模介绍
3.1VASP编译安装（vaspkit安装，qvasp安装及其它常用工具）
3.2 利用Materials Studio软件或者数据库建立乙醇分子模型和Si模型
3.3纳米管搭建技巧，界面模型搭建技巧：晶格匹配
3.4 通用手绘计算模型技巧（专题）

二、VASP相关参数置技巧及参数收敛性测试（升阶篇） 课程4 VASP输入参数设置技巧
4.1 INCAR参数的设置（ENCUT, ISIF, EDIFF, EDIFFG, HSE06, LDA+U，VDW等）
4.2 K点的设置方案 (Mesh, Line-Mode以及Rec直接标注权重)
4.3赝势的选择及快速生成方法
课程5 VASP结构优化
5.1 晶体结构的优化设置：通过实例Pt晶体优化来了解VASP的参数设置
5.2 设置参数的最简易方法，以及归类、总结和技巧
5.3 自洽、非自洽、电荷密度文件、波函数文件、总能的相关解释及用途。
课程6 VASP收敛性测试
6.1测试脚本的编写及介绍 （测试的目的，意义）
6.2 截断能收敛性测试
6.3 K点收敛性测试及其他收敛性测试（表面层数，sigma等）

三、电子结构、弹性模量、声子谱、分子动力学（实战篇：材料计算专题） 课程7 VASP材料理化性质计算及结果分析
7.1 VASP能带结构与态密度计算
7.1.1 能带基础知识介绍
7.1.2 Si能带计算(PBE和HSE)与分析
7.1.3 Si态密度计算与分析
7.1.4 电子有效质量计算
7.2 VASP弹性常数计算
7.2.1 弹性常数基础知识介绍
7.2.3 Si弹性常数计算与分析
7.3分子动力学（MD）模拟简介
H2O分子动力学模拟
7.4 VASP光学性质计算
Si的光学性质计算与分析(PBE与HSE)
7.5 VASP声子谱计算
两种计算方法Si的声子谱计算
7.6 特殊体系体系的设置方案
7.61 HSE06杂化泛函的设置方法
7.62 强关联体系的设置方法（LDA+U）
7.63 范德华力参数的设置
7.7 VASP对缺陷、掺杂体系的处理
7.71位错形成能的计算
7.72 杂质能级的引入
7.8 实例解析：二维材料InP3单层在气敏材料方面的应用

四、吸附、过渡态以及电荷分析（实战篇：催化反应专题） 课程8 VASP表面催化反应计算及结果分析
8.1 固体表面具有催化活性的本质原因解析
8.2 基元反应和复杂反应在固体表面催化反应研究中的关系
8.3 VASP表面吸附
CO吸附在Pt表面计算（吸附能模型和吸附能）
8.4 VASP电荷分析
8.4.1 电荷拆分
8.4.2 Bader电荷计算与结果处理
8.4.3 ELF计算与结果处理
8.5 VASP过渡态搜索
8.51 插点和过渡态搜索
8.52 频率分析及零点能矫正方案
8.53 消虚频的方法

8.6 实例解析：Pd(111)表面用H2催化消除NO的第一性原理研究

五、实例解析（一）（提升篇：特定体系计算） 课程9 复习实例巩固一：体弹性常数及特定体系计算

1. 体相弹性常数计算<