Matlab建的模型如何导入MS中,lammps输出的模型如何导入MS中建模

前面我已经介绍了如何将MS(materials studio)建立的模型导入到lammps中。

这里提出一个相反的问题：如何将lammps输出的模型再反过来导入到MS中呢？

一般lammps的dump命令输出的数据文件格式有三种：dump格式、xyz格式和cfg格式。

dump格式是lammps自己定义的，并不具有通用性，是很难转换成其他通用格式的。

xyz格式虽然很通用，但包含的信息却不完整，丢失了晶胞的信息。

cfg格式也不是一种通用格式，但因为有一些现成的程序可以帮助转换，所以使用起来还比较方便。

所以，这里面实际上是借助cfg格式作为桥梁，进行格式转换的。

总的思路是：lammps输出cfg格式 →pdb格式 → 导入ms建模

内容目录

一. lammps输出cfg格式

二. 转换成pdb格式

三. 导入MS完成建模

一. lammps输出cfg格式

按着lammps中dump命令的格式要求输出即可，如下：

dump 1 all cfg 100 dump.snap.*.cfg id type xs ys zs

有时需要辅助dump_modify命令，用来设置其中的元素类型。

二. 转换成pdb格式

cfg格式是李巨提出来的，他也提供了cfg转换成pdb的脚本(非开源)。

linux版下载地址：cfg2pdb  | 更多下载

使用很简单，如下即可完成转换：

$ cfg2pdb input.cfg output.pdb

三. 导入MS完成建模

将转换完成的pdb文件用MS打开即可完成建模。如果看到模型有点不对，可能需要先进行build crystal操作，如下图所示。

这样就实现了lammps输出文件到MS的无缝连接。