vmd显示lammpstrj文件，并可手动调节部分原子的显示大小比例（lammps的group命令&dump命令使用，vmd中cpk模式使用）

通过lammps输出的lammpstrj文件导入vmd中，如何改变不同原子的显示大小呢？

先上图：

 图中一共两种原子，蓝色的原子显示的大小是红色的三倍，要实现这种效果，首先得对输出的lammpstrj做改变，我们需要对两种原子分别输出其对应的lammpstrj文件，这需要使用group命令对同类型的原子进行分组，group命令在手册的823页，如图：

我们将1类型的原子划为C组，将2类型的原子划为O组，分别输出其lammpstrj文件，然后倒入vmd，如图：

 

 然后选择对应的selected molecule ，即可调节sphere scale和bond radius，及原子大小和键粗。